SA Eesti Geenikeskus - genomics.ee

Biotehnoloogia rahvusvahelises meedias 2003 - 46. nädal (10.11-16.11)

====================================
Sisukord:
Kolmandik riskikapitalist voolas tervishoiuga seotud ettevõtetesse
GM-toidu keelu tühistamise hääletus lükkus edasi
Identifitseeriti psoriaasi geenid
Globaalne biotehnoloogia
Kunstlik bakteriaalne viirus
Uus lootus diabeetikutele
Euroopas puudub konsensus tüvirakkudega seotud uurimistegevuse rahastamise osas
USA linnades biorünnaku avastamise süsteemid
IBM tutvustab superarvutit Blue Gene
Uus võimalus regulatiivsete radade uurimiseks
Uued võimalused tolmenejate meelitamiseks
Bristol-Myers tõi turule näritava kontratseptiivi
===================================

 

Kolmandik riskikapitalist voolas tervishoiuga seotud ettevõtetesse
Käesoleva aasta kolmandas kvartalis investeerisid riskikapitalistid Ameerika biotehnoloogia ja meditsiinitehnika sektorisse 1,24 miljardit dollarit, vahendas Money Tree konsultatsioonifirma PricewaterhouseCoopers'i uurimust. Kogu Ameerika arvestuses moodustasid biotehnoloogia ja meditsiinitehnika sektoritesse tehtud investeeringud ligi kolmandiku perioodi jooksul investeeritud riskikapitalist. Viis kümnest suuremast tehingust tehti New England'i piirkonnas. Suurim summa (42,7 mln dollarit) investeeriti firmasse GenPath Pharmaceuticals, mis arendab geneetikal baseeruvat vähiteraapiat. Järgnesid immuunsüsteemi toetavat ravimit arendav Coley Pharmaceutical Group (35 mln dollarit) ja OmniSonics Medical Technologies (26 mln dollarit)
Endiselt eristuvad kaks suuremat rühma: kohe-kohe turule jõudvate toodetega firmad ning murrangulist tehnoloogiat arendavad firmad. Hetkel on eelistatud seisus esimesena nimetatud. Firma
GenPath kuulub aga teise gruppi. Firma juhataja Tuan Ha-Ngoc näeb väärtust just uues tehnoloogias, mis suudab aluse panna paljudele toodetele ehk oleks võrreldav "toodete masinaga", kus esimesed tooted võivad ka ebaõnnestuda, kuid kindlasti ei jää järgnevad tulemata.
Samas peab mainima, et ülalnimetatud kolme investeeringu taga on ühise investorina
Venrock Associates. Venrock'i esindaja Bryan Roberts kinnitas, et investorite leidmine on paljudele biotehnoloogia firmadele hetkel väga raske. Venrock'i investeeringud olid nö jätkuinvesteeringud, mis pole päris uude ettevõtmisse investeerimisega võrreldavad. Robertsi sõnul on turg endiselt väga hinnatundlik ja huvitatud firmadest, kes suudavad luua lähitulevikus olulist väärtust.
(Boston Globe), 10.11.03

GM-toidu keelu tühistamise hääletus lükkus edasi
EL lükkas 10. novembril edasi hääletuse geneetiliselt modifitseeritud (GM) toidukaupade importimise osas. Euroopa Komisjoni teatel toimub hääletus detsembris peale seda, kui ELi riigid on teinud otsuse GM suhkrumaisi (Bt-11) sisselubamise kohta. Suhkrumais Bt-11, mida toodab Shveitsi firma Syngenta, on putuka- ja umbrohuresistentne ning seda turustatakse USA-s.
Keskkonnaorganisatsioon Greenpeace avaldas otsuse üle heameelt tõdedes, et GM suhkrumaisi konservid toovad kaasa vaid keskkonna- ning terviseprobleeme. ELi otsuseid jälgib tähelepanelikult USA, kelle arvates rikutakse de facto keeluga GM toiduainetele globaalseid kaubandusreegleid. ELi moratoorium GM toiduainetele sai alguse aastal 1999 viie riigi - Prantsusmaa, Itaalia, Kreeka, Taani ja Luksemburg – eestvõttel. Hiljem ühinesid moratooriumiga Belgia ja Austria.
USA, Kanada ja Argentiina pöördusid ELi moratooriumi tõttu ka WTO poole; seda paar nädalat peale seda, kui Euroopa Komisjon andis välja kaks uut GM toiduainete direktiivi. Direktiividega avaldas EL valmisolekut lõpetada 5-aastane moratoorium GM toidu impordile ning kasvatamisele. Ühe direktiivi kohaselt tuleb inim- ja loomatoit märgistada juhul, kui see sisaldab vähemalt 0,9 % GM komponente; teine direktiiv näeb ette GM toidu päritolu väljaselgitamist.
Euroopa avalik arvamus on siiani GM toidu vastu. Hiljuti Suurbritannia katsepõldudel läbiviidud mõõtmised näitasid GM kultuuride äärmiselt kahjulikku mõju looduskeskkonnale. Greenpeace soovitas seepeale Brüsselil keskenduda Euroopa tarbijate, talunike ning toiduainetetööstuse huvidele ning keelustada GM kultuuride külvamine. Greenpeace’i arvates on häbi lubada maisi importi vaid selleks, et tulla vastu USA-le ja WTO-le. Liikmesriigid peaksid rõhuma pigem sellele, et WTO poolt kaitstavad korporatiivsed huvid ei saaks määrata ELi keskkonna- ja tervishoiustandardeid.
(EU Business), 11.11.03

Identifitseeriti psoriaasi geenid
Pärast 10 aastat kestnud katsetusi on teadlased leidnud kolm geeni, mida seostada nahapsoriaasiga. Teadlased on ühtlasi arvamusel, et naha moonutatud seisundil on tugev seos immuunsüsteemiga.
Psoriaasi kirjeldatakse haigusena, mille korral punetav nahk sügeleb ning kipitab. Haigust on seostatud mitmete keskkonnateguritega ning tal on ka palju vorme – nt psoriaatiline artriit ning rida tervetele kudedele immuunsüsteemi poolt põhjustatud haigusi nagu diabeet, luupus jne. Esimesi psoriaasisümptomeid seostatakse kas stessi, streptokokkbakteri infektsiooni või HIV-ga. Ameerika Ühendriikides kannatab psoriaasi all 4,5 miljonit inimest, Lääne-Euroopa riikides põeb haigust umbes 2 % rahvastikust.
10-aastast projekti psoriaasigeenide kindlakstegemiseks juhtis geneetikaprofessor Anne Bowcock Washingtoni Ülikooli Arstiteaduskonnast. Tema sõnul on nüüdsest võimalik jälgida geenide funktsionaalset rolli ning leida vastus olulistele küsimustele – nt kuidas muutused rakumehhanismides haigusi põhjustavad. Bowcock arvab, et suure tõenäosusega on psoriaasi teke põhjustatud immuunsüsteemist. Võimalik, et immuunsüsteem kas reageerib üle kahjustades sellega terveid kudesid või ei suuda naha teatud immuunrakke välja lülitada.
Psoriaasiga seotud geenide isoleerimiseks analüüsisid teadlased 242 Põhja-Euroopa perekonna DNA-d. Perekonnas pidi seejuures olema vähemalt 2 psoriaasihaiget. Uuringud kolme geeniga - SLC9A3R1, NAT9, RAPTOR – kestsid kümme aastat, kuna geenid oskavad ennast osavalt muuta. Lisaks leidsid teadlased, et suurenenud psoriaasiriski geenivariandid leidusid 37 % katsealustest, kes haigust ei põdenud. Kuna psoriaas areneb välja vaid keskmiselt 2 % inimestel, peab psoriaasiriski väljakujunemisega olema seotud tunduvalt rohkem geene. Bowcock nimetab kolme kindlakstehtud geeni küll madala riskiastmega, ent siiski äärmiselt olulisteks geenideks, mida varem psoriaasiga ei seostatud.
Bowcock on koos kolleegidega mitmetest USA ülikoolidest leidnud tõendusmaterjali selle kohta, et nimetatud kolm geeni mõjutavad immuunsüsteemi rakkude (nn T-rakkude) arengut. Geenid SLC9A3R1 ja NAT9 võivad teatud tingimustes olla reguleeritud geeni RUNX1 poolt, millel on täita aktiivne roll vererakkude (sh immuunsüsteemi vererakkude) tekkel. Kuna nii naha kui immuunsüsteemi ülesandeks on kaitsta inimkeha nakkuste eest, siis võib just see geen anda uut informatsiooni.
Bowcock sõnul tuleks uurida ka seda, kas nimetatud geenid on seotud teiste autoimmuunhaigustega (nt nahaekseem), mida seostatakse 17. kromosoomi sama piirkonnaga, kust psoriaasigeenid isoleeriti. Lisaks eelnevale kavatsevad teadlased kasutada identifitseeritud geene hiire või mõne teise looma psoriaasimudeli loomiseks.
Uurimus avaldati ajakirjas Nature Genetics.
(Washington University), 11.11.2003

Globaalne biotehnoloogia
Konsultatsioonifirma Datamonitor on arvutanud 2002.a. kogu maailma biotehnoloogia turuväärtuseks 77,2 mld dollarit. Väärtus on perioodil 1997-2002 kasvanud keskmiselt 21,9 % aastas. Edaspidi peaks iga-aastane kasv järk-järgult aeglustuma, jõudes 2002.a. 14,2 % asemel 2007.a. 8.9 %ni. Aastal 2007 peaks turuväärtus olema kasvanud 125,7 mld dollarini. Datamonitori hinnangul omavad juhtivad firmad 2002.a. sissetulekute järgi järgmist turuosa: Amgen 7,2 %; Genentech 2,9 %; Applera 2,2 %; Seono 2 %, Genzyme 1,7 %; Biogen 1,5 % ja teised 82,5 %. Vt lähemalt: Global Biotechnology Industry Profile
(Datamonitor), 12.11.03

Kunstlik bakteriaalne viirus
Molekulaarbioloogidel on õnnestunud luua kunstlik bakteriaalne viirus, mis suudab sarnaselt tõelisele viirusele nakatada ja baktereid hävitada. Sünteetilise bioloogia seisukohalt on tegemist küll suure edusammuga, kuid samas võib see lihtsustada ohtlike patogeenide väljatöötamist bioterroristide poolt.
Juba alates DNA-s peituva info lahtimuukimisest on teadlasi innustanud mõte kasutada järjestust kunstgenoomi loomisel. Genoomi kokkupanek on võimalik paari aluspaari kaupa – nii toimetas nt molekulaarviroloog Eckard Wimmer, kellel õnnestus kokku panna lastehalvatuse viirus (Science, 9 August 2002, p. 1016). Tegemist oli aga äärmiselt mahuka tööga, mis võttis aega 3 aastat.
Craig Venter otsustas koos kolleegidega IBEA-st (Institute for Biological Energy Alternatives) välja töötada kiirema ning täpsema kunstgenoomide loomise võimaluse. Kõigepealt loodi ühe ahelaga DNA väikesed tükikesed (short pieces of single-stranded DNA), seejärel pandi lühikesed ahelad kokku kohendades ahelate kattuvaid otsi nii, et kogu genoomi kohta tekiks üks šabloon. Modifitseeritud polümeraasi ahelreaktsiooni abil pandi kokku täielik kahe ahelaga kromosoom. Viirus suutis nakatada baktereid kasutades nende geneetilist materjali enda paljundamiseks.
Loodud viiruse genoomil oli vaid 500 aluspaari. Järgmiseks üritab Venter aga luua 5000 aluspaariga suuremaid genoome. IBEA eesmärgiks on kokku panna väike bakteriaalne rakk. Selleks tuleb aga viia genoom rakku, mis kujutab endast tunduvalt keerukamat ülesannet.
(ScienceNow), 13.11.2003
(GenomeWeb News), 13.11.03

Uus lootus diabeetikutele
Maailma 194 miljonit diabeetikut said 14. novembril, Ülemaailmsel Diabeedipäeval, hea uudise, kuna USA teadlased kinnitasid, et hiirtel läbiviidud katsed diabeedi tüüp 1 peatamiseks on õnnestunud.
13. novembril teatas lisaks Euroopa Komisjon 11,7 miljoni euro eraldamisest rasvumisvastase ravi väljatöötamiseks. Tüsedus on üks peamisi diabeedi tüüp 2 põhjustajatest.
Diabeeti tüüp 1 põdevate haigete organism ei ole võimeline tootma insuliini, mistõttu vajavad patsiendid ellujäämiseks regulaarset süstimist. Insuliini toodetakse pankrease rakkudes, mis diabeetikutel on hävitatud immuunsüsteemi poolt. Insuliini abita ei suuda diabeetikud suhkrut energiaks muuta ning veresuhkru tase tõuseb ohtlikult kõrgeks.
USA teadlastel oli juba varem õnnestunud kindlaks teha, et süstides tervete hiirte põrnarakke diabeeti põdevatele hiirtele, on võimalik harjutada rakusiirdamisega immuunsüsteemi neid mitte hävitama. Viimases uurimuses kasutatud põrnaraku süstimise tulemusena hakkasid diabeeti põdevate hiirte rakud iseseisvalt insuliini tootma. Uurimust juhtinud Massachusetts’i diabeedikeskuse juhataja dr David Nathan’i sõnul on edaspidi võimalik vältida insuliini tootvate rakkude hävinemist dibaeedihaigetel.
Euroopa Komisjon teatas 13. novembril uuest 5-aastasest Integreeritud Projektist, mille eesmärk on leida ravim rasvumise, teise diabeeditüübi peamise põhjustaja, vastu. Liigne kehakaal põhjustab organismile raskusi normaalse veresuhkru taseme hoidmisel. Projektis osaleb 24 partnerit kümnest Euroopa riigist. Koos loodetakse teha kindlaks ajumehhanismid, mis rasvumist mõjutavad.
(Cordis), 14.11.2003

Euroopas puudub konsensus tüvirakkudega seotud uurimistegevuse rahastamise osas
Ettepanek lubada ELi finantsvahendite kasutamist uute tüvirakkudega seotud teadustegevusele ei leidnud toetust liikmesriikide valitsuste ja Euroopa Parlamendi poolt.
Viimane sõnaõigus jääb selles küsimuses ELi valitsuste ministritele. Oponentide hulka kuuluvad Saksamaa, Itaalia, Portugal ja Austria, kelledel on juba piisavalt hääli, et Euroopa Komisjoni ettepanekuid tõrjuda või need muudatuste tegemiseks tagasi saata.
Moratoorium tüviraku-uuringute rahastamisele EL-is peaks lõppema 31. detsembril. Seejärel oleks teadlastel teatud tingimustel õigus kulutada ELi rahalisi vahendeid uute tüvirakkude loomiseks külmutatud inimembrüotest. Erandiks jääksid vaid riigid, kus selline tegevus on keelatud. Tüviraku-uuringute oponendid viitavad peamiselt eetilistele aspektidele – sisuliselt potentsiaalselt elujõulise inimembrüo hävitamisele. Saksamaa ja Austria on teatanud, et ei kavatse siseriiklike seaduste järgselt keelatud tegevuse läbiviimiseks eralda raha ELi eelarvesse. Saksa Rohelise Partei saadiku Hiltrud Breyer’i arvates peaks ELi rahaliste vahendite kasutamine olema lubatud vaid sellistele projektidele, mis leiavad toetust kõikides liikmesriikides ning ei lähe vastuollu siseriikliku seadusloomega.
Euroopa Komisjoni pressiesindaja Fabio Fabbi on oma sõnavõttudes üritanud leida tasakaalu. Tema sõnul on tegemist siiski vaid regulatsiooniga, kuidas teadustegevust rahastada. Samas on ta tunnistanud, et kui Euroopa Komisjonil kompromissi leida ei õnnestu, pikendatakse tõenäoliselt moratooriumit.
Teadlased usuvad, et tüvirakkude abil on võimalik ravida tervet rida degeneratiivseid haigusi, kuna tüvirakkudest võib aretada mistahes inimkoe.
Tüvirakkude saamine nn mitmearvulistest embrüotest, mis on üle jäänud katseklaasiviljastustest, on teatud tingimustel lubatud Rootsis, Soomes, Kreekas, Hollandis ja Ühendkuningriigis. Ühendkuningriik on seejuures ainus ELi liikmesriik, kus inimembrüote loomine tüvirakkude hankimiseks on lubatud.
(Newsday/AP), 14.11.03

USA linnades biorünnaku avastamise süsteemid
USA valitsus on 31 linnas paigaldanud biorünnaku avastamist hõlbustavad seadmed. Süsteem BioWatch kogub igas linnas keskmiselt kaheteistkümnes paigas õhuproove, mida analüüsitakse potentsiaalselt surmavate haigustekitajate vastu.
Umbes 60 mln dollarit maksnud projekt hõlmab suuremaid linnu nagu Washington, New York ja Houston. BioWatch peab suutma avastada ohtlikud bakterid või viirused. Ohu korral saavad teate nii politsei- kui tervishoiutöötajad. Süsteemi väljatöötajate sõnul on sensorid reguleeritud avastama rünnakuid, mis ähvardaksid suurt hulka inimesi. Vähemalt kord päevas võetavaid proove analüüsitakse kümnekonna haigustekitaja vastu spetsiaalsetes laboratooriumides. Projekti käigushoidmiseks kulub iga linna kohta 2 mln dollarit aastas.
Süsteemi käikulaskimisest alates on BioWatch analüüsinud enam kui pool miljonit proovi, millest üks on osutunud positiivseks. Houstonis avastati õhust tulareemiapisikuid. Kuigi kergesti nakkavat tulareemiat on võimalik kasutada biorelvana, esineb seda ka tavaelus, peamiselt loomadel.
(Reuters), 14.11.03 

IBM tutvustab superarvutit Blue Gene
IBM avaldas esimesed andmed valmiva superarvuti Blue Gene/L kohta. Nõudepesumasina mõõtmetes arvuti peaks olema võimeline sooritama 1,4 triljonit tehet sekundis.
Arvutusvõimsus on piisav, et haarata maailma võimsamate arvutite top500 nimekirjas 73. positsioon. Aastaks 2005 soovitakse jõuda uue mudelini, kus 1024 protsessorist koosnev süsteem oleks kaasajastatud ja võrgus 127 identse komplektiga, mis peaks tagama tabelis esikoha.
Blue Gene/L on teatud mõttes teistest erinev superarvuti, kuna seda arendatakse IBM projekti raames, mille eesmärgiks on lahendada geneetika uurimisega seotud arvutuslikke probleeme - nt rakendatakse füüsikaseadusi valkude struktuuri konstrueerimiseks. Blue Gene/L'i spetsiaalsed protsessorid töötavad sagedusel 700MHz. Kuid töökiirus peaks tuleval aastal 40% võrra kasvama, selgitas Bill Pulleyblank, kes on IBM'i Deep Computing töörühma juht. Täiskonfiguratsioonis, mis sisaldab 64 alust ja 131 072 protsessorit, peaks arvuti olema võimeline tegema 360 triljonit kalkulatsiooni sekundis. Hektel on eesmärgiks seatud ühe petaflopise jõudluse saavutamine ja mudeli Blue Gene/P valmimine aastaks 2006.
IBM soovib uute eluteadustele suunatud projektidega parandada positsiooni suure jõudlusega arvutusmasinate turul, kus juhtpositsioon on firma Hewlett-Packard käes. Võrreldes 2001. aastaga kasvas 2002.a. IBM müügikäive 28 %, 1,04 mld dollarilt 1,33 miljardini. Samal ajal HP müük kahanes 25 % võrra, 2,1 mld dollarilt 1,58 miljadini.
(CNET News.com), 14.11.03

Uus võimalus regulatiivsete radade uurimiseks
Massachusettsi Tehnoloogiainstituudi ja Whiteheadi Biomeditsiini Uurimisinstituudi teadlased on töötanud välja tarkvara, mis võimaldab ühendada kaks erinevat andmekogumit. Avalikult kasutatav projekt GRAM (Genetic Regulatory Modules) võimaldab senisest täpsemalt uurida geeni regulatiivset rada (pathway). Ühendatakse ühelt poolt andmed regulatiivsete molekulide kohta, mis geeni aktiviseerivad ja teiselt poolt andmed, mis kirjeldavad nende geenide produkte erinevatel ajahetkedel.
Kumbki andmehulk ei anna iseseisvalt piisavalt infot kahe protsessi põhjus-tagajärg seosest.
Tavaliselt kasutatakse lähenemist, kus vaadeldakse rakkudes regulatiivsete radade identifitseerimiseks korraga vaid ühte poolt. Näiteks uuritakse vaid geeniprodukti mRNA tasemeid - molekuli, mille vahendusel geen annab juhiseid valgu tootmiseks. Nende tasemete mõõtmisega loodetakse leida regulatoorsed rajad ning identifitseerida regulaatorid, mis kogu protsessi käivitasid. Uut uurimismeetodit kirjeldatakse ajakirjas Nature Biotechnology.
(EurekAlert), 14.11.03

Uued võimalused tolmenejate meelitamiseks
Ühe geenilüliti muutmisega on võimalik avada tee tervele reale uutele tolmnejatele. Ajakirjas Nature avaldatud uurimuses näidatakse, et ühe ainsa geenimutatsiooni tulemusena võib ühest liigist saada kaks.
California
Sierra Nevada mägedes leidub kaks lähedalt seotud pärdiklille liiki. Punane Mimulus cardinalis meeldib koolibridele, kes eelistavad sarlakpunaseid lilli. Koolibrid mööduvad aga roosast Mimulus lewisii'st, mis tõmbab ligi hoopis kimalasi. 
Mõlema liigi kroonlehtede värvi mõjutab YUP nime all tuntud geen, mis kas pärsib või vallandab kollase pigmendi. Washingtoni Ülikooli teadlased Toby Bradshaw ja  Douglas Schemske ning East Lansing Michigani Ülikoolist avastasid, et mutatsioon geenis YUP võib muuta tolmnejate eelistusi. Hüpoteesi testimiseks vahetati omavahel liikides leiduvad YUP geenivariandid. Muteerunud M. lewisii kasvas kollakas-oranzhina ja M. cardinalis muutus tumeroosaks. Välikatsed näitasid, et värvi muutusel on tolmnejatele suur mõju. Koolibrid avastasid uue kollaks-oranzhi, algselt roosana vastumeelse liigi M. lewisii ja kimalased hakkasid enam huvituma eelnevalt ära põlatud originaalvärvides M. cardinalis'ed.
(ScienceNow), 14.11.03

Bristol-Myers tõi turule näritava kontratseptiivi
USAs jõuab turule esimene naistele mõeldud suus näritav kontratseptiiv, firma Bristol-Myers Squibb toodetud piparmündimaitseline tablett. USA Toidu ja Ravimiameti heakskiidu saanud toode nimetusega Ovcon 35 sisaldab hormoone östrogeen ja progestiin, mida kasutatakse tavalistes rasestumisvastastes tablettides raseduse ära hoidmiseks.

(Reuters), 14.11.03

====================================
Tagasiside:
tel: 07 440428; 056 469494
email:  
arhiiv: nädalaülevaated

Sihtasutus Geenikeskus:
Riia 23b, Tartu, 51010
tel: 07 375030
email:
veeb: genomics.ee 

© 2003, SA Geenikeskus • Esitatud materjale võib reprodutseerida viidates autorile.