SA Eesti Geenikeskus - genomics.ee

 

Biotehnoloogia rahvusvahelises meedias 2003 - 40. nädal (29.09-05.10)

====================================
Sisukord:
Eesti ja Poola on Kesk- ja Ida-Euroopa biotehnoloogia valdkonnas kõige arenenumad 
Geenid ja keskkond Sclerosis multiplex tekkes
Islandlased identifitseerisid ülekaalulisust mõjutava geeni
Geenivihjed nahahaiguse tekkemehanismi kohta
NIH tegevuskavas tähtsal kohal süsteemibioloogia ja multidistsiplinaarne teadus
Haava kiirem paranemine
Geenimutatsioon võib selgitada SARSi levikut
Inimese genoom ühel kiibil
Kirjeldati tsütokroom membraanvalgu struktuuri
Kirjeldati parasiidi Trichomonas vaginalis genoom
Väärtuslik rämps DNA
Töörühm soovitab ühendada Euroopa teadusfinantseeringud
Austraalias lõppes edukalt meeste rasestumisvastase vahendi katsetamine

===================================

Eesti ja Poola on Kesk- ja Ida-Euroopa biotehnoloogia valdkonnas kõige arenenumad 
Euroopa Biotehnoloogia Föderatsiooni (EFB) president B¸rge Diderichsen tunnustab ajakirjale Enlargement Europe antud intervjuus Eesti biotehnoloogia taset. Diderichseni hinnangul on Kesk- ja Ida-Euroopa riikidest biotehnoloogia valdkonnas kõige aktiivsemad ja suuremaid edusamme teinud Poola ja Eesti. 
EFB presidendi hinnangul on hetkel biotehnoloogia võtmeküsimusteks eetilised diskussioonid biotehnoloogia võimaluste rakendamisest erinevates sektorites. Seetõttu on oluline avalikkuse informeerimine ja biotehnoloogia kui ressursside säästlikumat kasutamist võimaldava vahendi tutvustamine. Eelkõige võiks biotehnoloogia tuua läbimurde kolmes globaalses probleemis: kliimamuutused, jätkusuutlikkus ja inimtervis.
EFB president näeb Ida-Euroopa riikides suurt ressurssi, sest seal on loodusteadused noorte seas võrreldes Lääne-Euroopa riikidega enam hinnatud. Situatsioonis, kus OECD hinnangul peaks Euroopa Liit koolitama igal aastal 25 000 doktoranti senisest enam, võib probleemile leevendust saada just Ida-Euroopast. Kui ainuüksi Poola 1,7 mln tudengist peaks mingi osa huvituma biotehnoloogiast, oleks see tähelepanuväärne panus kogu Euroopa biotehnoloogia sektorile.
EFB asutati Euroopa teadlaste poolt 1978. aastal. EFB eesmärgiks on edendada ohutu ja eetiliselt vastuvõetava biotehnoloogia arengut, mis võimaldaks näiteks kasutada säästlikumalt loodusvarasid. Samuti soovib EFB tihendada Euroopa akadeemiliste ja ettevõtetes rakendatud teadlaste vahelisi kontakte ja koostööd, eesmärgiga tõsta piirkonna konkurentsivõimet, parandada haridust, edendada innovatsiooni ja luua võimalused biotehnoloogia rakendamiseks kogu ühiskonna hüvanguks. EFB koondab enam kui 3600 üksikisikust ja 190 juriidilisest isikust liiget. Alates 2003. a. kevadest on Geenikeskus EFB harukontor Balti riikides.
(Enlargement Europe), september 2003

Geenid ja keskkond Sclerosis multiplex tekkes
Mahukas Kanada kaksikute uurimus kinnitas paljude ekspertide arvamust Sclerosis multiplex (SM) kohta - haiguse teket mõjutavad nii geenid kui keskkond. Kahe faktori täpne osakaal on aga endiselt teadmata. SM on noortel täiskasvanutel üks enamlevinud neuroloogilisi häireid. SM diagnoositakse tavaliselt 20. ja 50. eluaasta vahel ning haigus on enam levinud naistel kui meestel. Maailmas on hinnanguliselt 2,5 miljonit SM haiget. SM korral kahjustub närvirakkude ümber olev müeliinkiht - häirub närviimpulsside koordineeritud levimine.
Senised SM uurimused kaksikutel, mis on üks paremaid võimalusi geneetiliste ja keskkonnamõjude eristamisks, on olnud suhteliselt väikesed. Ajakirjas Proceedings of the National Academy of Sciences avaldatud uurimuse peamiseks väärtuseks ongi selle mastaap. Teadlased jälgisid 20 aasta vältel enam kui 80% Kanada kaksikutest, kellel oli diagnoositud SM. Kokku oli vaatluse all 370 kaksikute paari, neist 120 mees- ja 250 naissoost. 
Suurem osa tulemustest kinnitasid ellnevate uurimuste järeldusi. Näiteks on SM patsiendi identsel kaksikul suurem tõenäosus haigestuda kui mitte-identsel. Veidi enam kui 25% juhtudest põdesid haigust mõlemad identsed kaksikud (enamasti naissoost). Mitte-identsetel kaksikutel oli vastav näitaja 5,4%; tavalistel järglastel on see isegi väiksem (2,9%). Uurimusest järeldati, et kaksikuks olemine pole iseenesest SM-ga seotud ehk sellega ei kaasne tavalisest suurem haigestumisrisk.
(HealthDayNews), 29.09.03 

Islandlased identifitseerisid ülekaalulisust mõjutava geeni
Islandi geeniprojekti baasil on identifitseeritud geen, mis erinevates variatsioonides määrab ära selle, kas inimesel on eelsodumus olla ülekaaluline või kõhn. Teadlased on juba pikka aega kahtlustanud, et see, kuidas inimese keha kaalu reguleerib, peab olema seotud geneetikaga. 30. septembril teatas Islandi biotehnoloogia ettevõte deCode Genetics, et on õnnestunud isoleerida geen, mis teeb meid kas üle- või alakaaluliseks. Tulemuseni jõuti rohkem kui 1000 islandi naise DNA-d uurides.
deCode tegevjuhi Kari Stefansson’i sõnul on tüsedus ja kõhnus nagu ühe mündi kaks külge. Geeni isoleerimine on oluline samm uute ravimite väljatöötamise suunas, mille kaudu loodetakse mõjutada keha tüsedust vältima.
Reykjavikis asuv ettevõte deCODE allkirjastas eelmisel aastal farmaatsiafirmaga Merck 90 miljoni dollarilise teaduslepingu tüsedusevastase ravimi väljatöötamiseks. Nüüd on USA farmaatsiagigandilt oodata avastuse eest uut suurt rahasüsti. 1996.a. loodud deCODE koostab Islandi geenipanka ning selgitab välja seoseid geenide ja tavahaiguste vahel. deCode pressiteade: http://www.decode.com/main/view.jsp?branch=5026&e342RecordID=1421&e342DataStoreID=3917
(Reuters), 30.09.03

Geenivihjed nahahaiguse tekkemehanismi kohta
Kõvanahksuse nimelise nahahaiguse ehk sklerodermia all kannatavad patsiendid võviad ühel päeval saada abi uurimusest, mis selgitas raskesti mõistetava haiguse geneetilisi tagamaid. Princetoni Ülikooli geneetik David Botstein juhtis uurimust, mille käigus tuvastati sklerodermia patsiente uurides enam kui 2 700 geeni ebanormaalne aktiivsus. Bolsteini kinnitusel oli üllatav, et patsiendi haigestunud nahakoes täheldatud geenide aktiivsus polnud eristatav tema terve nahakoe proovide omast. See näitab, et haigus esineb kogu organismis mitte ainult koes, kus sümptomid on nähtavad. Seetõttu on haigus seni arvatust palju komplitseeritum. Uurimustulemused võivad hõlbustada haiguse diagnoosimist enne sümtomite ilmnemist. Sklerodermia tekib tavaliselt 40 kuni 50 aastastel inimestel ning selle vastu pole efektiivset ravi.
(ScienceDaily), 30.09.03

NIH tegevuskavas tähtsal kohal süsteemibioloogia ja multidistsiplinaarne teadus
USA Riikliku Tervishoiuinstituudi (NIH) direktor Elias Zerhouni näeb äsja avaldatud NIH Meditsiini Uurimise Tegevuskavas prioriteetsete komponentidena süsteemibioloogiat ja multidistsiplinaarset teadust. Zerhouni sõnul koostati tegevuskava sooviga tõsta esile "peamisi võimalusi ja probleeme biomeditsiini uurimises, mida ükski NIH instituut iseseisvalt ei suuda lahendada". Ettevõtmise järgmise kuue aasta kogueelarve on 2,1 mld dollarit, mis on tagasihoidlik võrreldes NIH 2003 aasta 27,3 mld dollarilise eelarvega. Enam kui aasta kestnud dokumendi koostamises osalesid rohkem kui 300 biomeditsiini eksperti tööstusest, teadus- ja valitsusasutustest. Tegevuskava sisaldab 28 punkti, mida asutakse rakendama üheksa töörühma poolt, mis tegutsevad kolmes suuremas valdkonnas
(New Pathways to Discovery, Research Teams of the Future, Re-engineering Clinical Research). NIH soovib alustada tegevuskava elluviimisega 2004. eelarveaastal. Zerhouni sõnul soovitakse tegevuskavas toodud sõlmküsimuste lahendamisega likvideerida peamised takistused, mis pärsivad teadustulemuste sujuvat jõudmist avalikkuseni ja kliinikutesse. 
(GenomeWeb News), 30.09.03
(ScienceNow), 03.10.03

Haava kiirem paranemine
Teadlaste sõnul paranevad haavad tavalisest kiiremini, kui blokeerida nahas leiduv spetsiifiline valk. Siiani pole täpselt selge, kuidas valk parenemist mõjutab. Avastusest võib olla abi nahavigastuste, sügavate haavade ja põletuste, kuid ka sisemiste vigastuste (nt selgroo vigastused ja sarvkesta abrasioon) ravimisel. 
Enamik teadlasi usuvad, et haavade paranemise eelduseks on tugev põletikuvastane immuunsüsteemi reaktsioon. 
Londoni Ülikooli arengubioloog David Becker uuris connexin nimeliste valkude rolli paranemisprotsessis. Becker koos Londoni ja Aucklandi Ülikooli kolleegidega keskendusid valgule connexin 43, mis koguneb vigastatud piirkonda esimeste tundide jooksul. Arvatakse, et valk aitab veresoontel laieneda, kiirendades valgete vererakkude jõudmist vigastatud piirkonda, et käivitada põletikuvastane reaktsioon. 
Ajakirjas Current Biology (13, 1697) ilmunud uurimuse kohaselt valmistati valgu connexin 43 mõju hindamiseks spetsiaalne geel, mis sisaldas lühikesi RNA lõike. Need vastutähendusega RNA ahelad olid connexin 43 geeni peegelkujutised ja pidid pärssima selle aktiivsust. Geel kanti hiire seljal olevatele haavadele. Üllatusena paranesd hiire haavad poole kiiremini kui valku connexin 43 oli vähem. Samuti leiti, et geel vähendas viiendiku võrra valgete vererakkude arvu haava piirkonnas, mis tähendab, et põletik ei kiirenda tingimata haava paranemist. Kui geel imendus naha kaudu vereringesse, siis vastutähendusega ahelad lagunesid, mis tähendab, et need ei avalda mõju teistele kudedele.

(ScienceNow), 30.09.03

Geenimutatsioon võib selgitada SARSi levikut
Taiwani teadlased arvavad, et geneetiline vastuvõtlikkus võib seletada, miks SARS levis Kagu-Aasias ja mitte kuskil mujal maailmas va Toronto ümbruses. Teadlased avastasid immuunsüsteemi geeni HLA (human leukocyte antigen) erilise variandi, mis muutis Taiwani patsiendid tavalisest palju enam vastuvõtlikkuks eluohtlikule SARSi põhjustavale viirusele. 
Identifitseeritud geenivariant esineb sagedamini Lõuna-Hiina päritolu inimestel, teatas Taipei Mackay Memorial Haigla teadlaste rühm. Ajakirjas BMC Medical Genetics avaldatud uurimus peab leidma kinnitust sõltumatute ekspertide poolt, kuid Taiwani teadlased on veendunud, et SARSi levikumustrit võib seletada just geneetikaga. Marie Lin, Chun-Hsiung Huang ja kolleegid uurisid 37 potentsiaalse SARSi nakatanu ja 101 SARSi patsientidega kokkupuutunud terve tervishoiutöötaja HLA geenivariante ning võrdlesid neid 190 taiwanlasest koosnenud kontrollrühma andmetega. Leiti, et raskemate SARSi vormide korral oli tõenäoline, et patsiendil esines geenivariant HLA-B 4601. Teadlaste sõnul ei haigestunud ükski Taiwani põliselanik, kes moodustavad Taiwani populatsioonist 1,5 protsenti. Identifitseeritud geenivarianti Taiwani põliselanikel pole leitud. Samuti esineb nimetatud geenivariant harva Euroopa populatsioonides.
SARSi epideemia sai alguse möödunud aasta novembris Hiina Guangdongi provintsis ning sellesse nakatusid peamiselt Aasia populatsioonide inimesed. SARSi põhjustas koronaviirus, mis on geneetiliselt unikaalne, kuid sarnane viirustele, mida on avastatud Hiina turgudel müüdud loomadel. Viirus levis peamiselt lennureisijate vahendusel kiiresti Hong Kongi, Taiwani, Vietnami, Singapuri ja Hiina pealinna Pekingisse. Maailma tervishoiuorganisatsiooni andmetel nakatus SARSi 8098 inimest ja neist 774 surid.

(CNN), 01.10.03

Inimese genoom ühel kiibil
Tehnoloogia areng on võimaldanud paigutada postmargi suurusele kiibile kogu teadaoleva inimese geeniinfo. See annab teadlastele haruldase võimaluse uurida inimese koeproovis kõiki teadaolevaid geenifragmente korraga. Näiteks saab määrata, millised neist on aktiivsed. Ülegenoomsed kiibid vähendavad oluliselt kulusid ja kiirendavad biomeditsiini alast uurimist. 
Maailma juhtiva kiipide tootja Affymetrixi juhataja Stephen P. A. Fodor leiab, et tegemist on tähelepanuväärse arenguhüppega. Affymetrix teatas ülegenoomisete kiipide (
GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array) tellimuste vastuvõtmisest päeval, mil konkurent Agilent Technologies, kavatses teatada ülegenoomsete kiipide testversioonide laialisaatmisest. Avalik võidujooks ülegenoomse kiibi loomise nimel algas firma Applied Biosystems juulis tehtud avaldusega, et selline kiip valmib enne käesoleva aasta lõppu. Seejärel teatas väikefirma NimbleGen Systems, et neil on kiip juba valmis, kuid seda veel katsetatakse. Affymetrix kavatseb ülegenoomseid kiipe sõltuvalt kogusest müüa 300 kuni 500 dollari eest ehk hind moodustab veidi enam kui poole eelmise kahele kiibile mahutatud genoomi komplekti hinnast. Teised firmad pole veel hinnataset avaldanud.
Kiibid, mis suudavad määrata aktiivsed geenid, on kujunenud olulisteks töövahenditeks geneetiliste mehhanismide uurimisel. Näiteks on võimalik mõista haiguse geneetilist mehhanismi, uurides, millised geenid on võrreldes terve organiga haige neeru või kopsu korral aktiivsed. Farmaatsiafirmad ennustavad geenide aktiivsust uurides ravimite efektiivsust. Tänaseks on kindlaks tehtud, et kasvajad, mis väliselt näevad välja ühesugused, võivad erineda neis olevate geenide aktiivsuse poolest.

(GenomeWeb), 01.10.03
(New York Times), 02.10.03

Kirjeldati tsütokroom membraanvalgu struktuuri
Purdue Ülikooli teadlased avaldasid ajakirjas Science artikli, kus kirjeldavad tsütokroomi kristalliseerumist. Tsütokroom on memraanvalgu kompleks, mis vastutab fotosünteesi eest sini-rohebakterites. Teadlaste sõnul on tegu olulise verstapostiga kogu proteoomika valdkonnas, kuna see võimaldab täita valguandmebaasides olevaid membraanvalkudest tingitud lünki. Membraanvalkude identifitseerimine ja struktuuri määramine on tavaliselt tõsiseks väljakutseks.
(GenomeWeb News), 03.10.03

Kirjeldati parasiidi Trichomonas vaginalis genoom
USA Genoomiuuringute Instituudi teadlased on järjestanud tupepõletikku ehk vaginiiti põhjustava parasiidi Trichomonas vaginalis genoomi. Genoom osutus algselt arvatust viis korda mahukamaks. Teadlaste sõnul pole veel selge, kas genoomis leiduva DNA järjestuse pikkus on tingitud suurest geenide arvust või lihtsalt suurest järjestuse lõikude korduste arvust. Trichomonas vaginalis on Põhja-Ameerikas üks enam levinud parasiite ja see nakatab aastas 5 mln inimest. 
(GenomeWeb News), 03.10.03

Väärtuslik rämps DNA
Olulised geenid on püsinud muutumatuna miljoneid aastaid. Uue uurimuse kohaselt on üllatuslikult geene mitte sisaldav DNA järjestus isegi stabiilsem. Imetajate genoome uurinud teadlaste sõnul on nn rämps DNA-l olulised ülesanded. Loomulik valik näib tagavat, et olulistesse DNA järjestustesse ei kogune mutatsioone, mis võiksid muuta nende funktsioneerimist. Seetõttu arvavad teadlased, et mida suurem on ühiste ellastega liikide DNA järjestuste sarnasus, seda olulisemad järjestused on. Inimese DNA ja tema lähedaste ning kaugemate liikide DNA võrdlemine peaks seetõttu näitama, millised DNA järjestused on olulised.
Varasemad inimese ja hiire DNA võrdlused on näidanud, et vähemalt 5% inimese genoomist on äärmiselt konserveerunud. Kuid üllatuslikult ei sisalda need järjestused umbes 63% ulatuses geene. Genfi Ülikooli geneetikud Emmanouil Dermitzakis ja Stylianos Antonarakis võrdlesid 13 erineva imetaja DNA-d. Teadlased analüüsisid inimese 21. kromosoomi DNA järjestusega võrreldavates piirkondades 191 mittekodeerivat järjestuse lõiku. Antonarakis ja Dermitzakis on eelnevalt näidanud, et välja valitud järjestused on nii hiire kui inimese genoomis äärmiselt konserveerunud.
Ajakirjas Science avaldatud uurimuses kinnitavad teadlased, et kõnealused DNA järjestused on enamikel vaadeldud liikidel 80-90% ulatuses sarnased ning valke kodeerivatest piirkondadest aja jooksul palju vähem muutunud. Antonarakise sõnul võib seetõttu väita, et need imetajate järjestused on geene sisaldavate piirkondadega vähemalt sama olulised kui mitte olulisemadki. Teadlaste arvates võivad konserveerunud järjestused kas aidata geene reguleerida või pakkida DNA-d.
(ScienceNow), 03.10.03

Töörühm soovitab ühendada Euroopa teadusfinantseeringud
Euroopa teadlased on pikemat aega unistanud laiahaardelisest USA Riiklike Tervishoiuinstituutide või Riikliku Teadusnõukogu mudeli rakendamisest teaduse finantseerimisel. Möödunud nädalal esitas Euroopa Liidu teadusministreid nõustav töörühm detailse ettepaneku 2,3 miljardi dollarilise aastaeelarvega alusteadusi finantseeriva fondi loomiseks. Kava on eelnevalt pakututega võrreldes vähem radikaalne, kuid on sisuliselt USA uurimistoetusi jagava organisatsiooni miniatuurne mudel. Euroopa Molekulaarbioloogia Organisatsiooni (EMBO) tegevdirektor Frank Gannon usub, et liigutakse õiges suunas.
USA ja Euroopa süsteemide erinevus tuleneb sellest, et Euroopa Liidu liikmesriikidel on iseseisvad riiklikud teadusfondid. Koos Euroopa Liidu 6. Raamprogrammi vahenditega kulutatakse ELis teadusele järgmisel viiel aastal ligi 20 mld dollarit. Kuid EL 6. Raamprogrammi on tihti kirutud selle bürokraatlikkuse ja rakendustele orienteeritud projektide eelistamise tõttu. Paljud Euroopa liidrid on USA ja Jaapaniga konkureerimise eesmärgil teinud ettepanekuid moodustada baasuuringuid toetav fond nimega Euroopa Teadusnõukogu (ERC).
ERC ekspertrühm alustas tööd aprillis ja avaldas 25. septembril esimese vahearuande, kus tehakse EL-ile ettepanek eraldada aastas vähemalt 2 mld eurot loodavale Euroopa Alusuuringute Fondile. Fondi vahendid kuuluksid 2007. a. algava 7. Raamprogrammi koosseisu. Vahearuandele oodatakse ettepanekuid novembri jooksul ning lõpparuanne esitatakse EL ministritele detsembris. Vaata lisaks: European Research Council Expert Group
(ScienceNow), 03.10.03

Austraalias lõppes edukalt meeste rasestumisvastase vahendi katsetamine
Austraalia teadlased teatasid edukast eksperimendist, kus kahe hormooni abil pärsiti sperma tootmist, mis võib panna aluse esimesele meeste kontratseptiivi väljatöötamisele. Katse käigus said 55 katsealuse paari mehed aasta vältel naiste rasestumisvastastes vahendites kasutatavate meeshormoonide testosterooni ja progestiini kombineeritud hormoonravi. Austraalia teadlaste eesmärgiks oli meestel sperma tootmine "välja lülitada". Katse käigus ei rasestunud ükski partner ega täheldatud mingisuguseid kõrvalmõjusid. Sealjuures oli hormoonravi ainsaks rasestumisvastaseks vahendiks. Teadlaste sõnul on tegemist esmakordse eduka katsega, kus mehe rasestumisvastane vahend takistab usaldusväärselt sperma tootmist. Hormoonravi manustati süstimisega kolme (progestiin) ja nelja kuu (testosteroon) tagant. 
(Reuters), 05.10.03

====================================
Tagasiside:
tel: 07 440428; 056 469494
email:  
arhiiv: nädalaülevaated

Sihtasutus Geenikeskus:
Riia 23b, Tartu, 51010
tel: 07 375030
email:
veeb: genomics.ee 

© 2003, SA Geenikeskus • Esitatud materjale võib reprodutseerida viidates autorile.