SA Eesti Geenikeskus - genomics.ee

 

ScanBalt
Ajakirjas The Scientist tutvustatakse Läänemere piirkonna koostööd eluteaduste valdkonnas. Teiste Läänemeremaade seas osaleb organisatsiooni ScanBalt tegevuses aktiivselt ka Eesti, keda esindab sihtasutus Geenikeskus. ScanBalt BioRegioon hõlmab 11 riiki, 85 miljonit elanikku, 63 ülikooli ja enam kui 700 biotehnoloogiaga seotud ettevõtet. Koostöö tulemusena soovitakse Läänemere piirkonnast kujundada konkurentsivõimelist bioregiooni. Artiklis tutvustatakse ka Eesti Geenivaramu projekti, millest ScanBalti regiooni teised biopangad võiksid nii mõndagi õppida. Loe lähemalt ajakirjast The Scientist.

Biotehnoloogia rahvusvahelises meedias 2003 - 33. nädal (11.07-17.08)

====================================
Sisukord:
Geneetiliselt muundatud taim elab üle põua
Tüvirakkudega südamekahjustuse vastu
Asutatakse haigustele keskenduvaid uurimiskeskuseid
DeCode vähendab kahjumit
Suurbritannia tüvirakupanka paigutatakse esimene tüvirakuliin
WHO: loobuge kasvu soodustamisel antibiootikumidest
Ajurakkude eluiga on võimalik pikendada
Inimene on enam sarnane roti kui kassiga
Teadlased üritavad kasvatada luustikku
Järjestati surmava bakteri genoom
Järjestati fütoplanktoni tüvede genoomid
Uus RNAi kohaletoimetamise meetod
Tüvirakudefekt põhjustab levinud geneetilist häiret

====================================

Geneetiliselt muundatud taim elab üle põua
Saksamaa Bonni Ülikooli teadlased on teinud kindlaks geeni, mis võimaldab taimedel üle elada põua. Uudis on lohutuseks Saksamaa talunikele, kes on sellesuvise kuumalaine tõttu on kaotanud hinnanguliselt kuni 80 % oma põllukultuuridest. Teadlastele pakkus huvi Lõuna-Aafrikas kasvav taaselustuv taim, mis kuivuse korral närtsib ja muutub pruuniks, kuid vihma korral taastab mõne tunni jooksul lehtede rohelise värvuse. Taim võib kaotada kuni 95 % oma veevarudest ilma, et see teda kahjustaks. See on võimalik seetõttu, et põuasel perioodil taime ainevahetus praktiliselt lakkab.
Bonni Botaanikainstituudi professori Dorothea Bartels’i sõnul pakkus teadlastele huvi, millised taime geenid on põuaperioodil aktiivsed ning millised molekulaarsed protsessid muudavad taime sedavõrd vastupidavaks. Leiti, et teatud geene kasutab taim ainult põuaperioodil. Seejärel selgus, et üks nendest geenidest on olemas ka Saksamaal kasvaval taimel Arabidopsis thaliana (harilik müürlook).
Kõnealune geen sisaldab mürgitustava ensüümi aldehüüd dehüdrogenaasi (ALDH) tootmise juhendit. Teadlased varustasid hariliku müürloogu ALDH geeni turbolaadija ekvivalendiga, mis tiheda perioodi tagant käivitus. Katse tulemusena selgus, et geneetiliselt muundatud taimed tootsid palju enam ALDH’d ning elasid üle ka pikema põuaperioodi - 16 päeva võrreldes loodusliku hariliku müürloogu 12 päevaga. Avastus võimaldab aretada põuale resistentseid maisi-, nisu- või sojataimi. Kuna ennustuste kohaselt elab 1/3 maailma elanikkonnast aastaks 2025 sademetevaesetes piirkondades, võib avastusel olla suur praktiline väätus.
(Cordis), 12.08.03

Tüvirakkudega südamekahjustuse vastu
Ameerika Ühendriikide teadlased kasutasid rottide südameataki järgselt tekkinud südamekahjustuse raviks geneetiliselt muundatud tüvirakke. Pole aga selge, kas uut tehnoloogiat on võimalik kasutada ka inimeste ravimisel. Tüvirakke on südamekahjustuse raviks üritatud kasutada ka varem, kuid katsed on lõppenud tüvirakkude hävinemisega.
Harvard’i Arstiteaduskonna uurimisrühm Victor Dzau juhtimisel viis Akt1 nimelise geeni luuüdist pärinevatesse tüvirakkudesse. Selgus, et geen blokeeris signaali, mis kutsub esile rakkude hävinemise. Modifitseeritud rakud suutsid rottidel peatada tõsise südamekahjustuse tekkimise, kahe nädala jooksul taastus rottide normaalne tervislik seisund. Uurimisrühma liikmed usuvad, et modifikatsioon võimaldas rakkudel elada niikaua, et muutuda südamelihase rakkudeks ning asendada kahjustunud kude.
Katsete tulemused kinnitavad teooriat, mille kohaselt on võimalik kasutada tüvirakke ka südamekahjustuste ravimiseks inimestel. Teooria pooldajad osutavad sellele, et südameataki üleelanud patsientidele on võimalik süstida nende endi tüvirakke. Kõhklejad aga küsivad, kas niisugune tüvirakuravi on inimeste jaoks ohutu ja efektiivne. Charles Murray Washington’i Ülikoolist leiab, et entusiasmi peab hetkel saatma teatud skeptilisus. Näiteks pole teada, kuidas täpselt tüvirakud rottide südameid ravivad. Arvatavasti muutuvad tüvirakud uuteks lihasrakkudeks, liituvad olemasolevate rakkudega või kutsuvad esile olemasolevate rakkude paranemise. Tehnoloogia pooldajad leiavad siiski, et kuna südamehädad on niivõrd massilised, tuleks neile anda luba enneaegsete inimkatsete läbiviimiseks. Südamekahjustuse all kannatab maailmas hinnanguliselt 23 miljonit inimest.
(Cordis), 12.08.03

Asutatakse haigustele keskenduvaid uurimiskeskuseid
Ajakirjas Genome Technology tutvustatakse trendi, kus üksteise järel asutatakse keskuseid konkreetse haiguse või haiguste rühma uurimiseks. Enamus neist toetuvad funktsionaalsele genoomikale. Seega tõstatub küsimus kas kõikehõlmavad nö mega-keskused ikka jäävad alatiseks valitsema? Samuti on USA Tervishoiuinstituudi (NIH) genoomikat finantseerivad grandid üha enam keskendunud konkreetsele haigusele. Spetsiifilistele haigustele keskendunud keskustel on ka parem võimalus saada toetust haigust põdevaid patsiente koondavatelt organisatsioonidelt. Esialgu on veel vara hinnata, kas trend avaldab teadusele positiivset või negatiivset mõju. Kindlasti võib aga juhtuda, et väiksed ja iseseisvalt spetsiifiliste haigustega tegutsevad keskused võivad kujuneda kulukamateks ja dubleerivateks. Viimast aitaks kindlasti kompenseerida konsortsiumite moodustamine.

(Genome Technology), 13.08.03

DeCode vähendab kahjumit
Islandi geeniprojekti korraldav DeCode Genetics vähendas teises kvartalis puhaskahjumit poole võrra ja teatas väiksest käibe kasvust. Firma andmetel kujunes teise kvartali käibeks 10,5 miljonit dollarit võrreldes 9,4 miljoniga aasta eest. Puhaskahjum oli samal perioodil 10,2 miljonit, võrreldes 19,7 miljoniga 2002. aasta samal perioodil. Samuti vähendati võrreldes möödunud aasta sama perioodiga kulutusi teadus- ja arendustegevusele, vastavalt 24 miljonilt 16,7 miljonile dollarile. Hoolimata kahjumist on firmal tegevuse jätkamiseks piisavalt käibevahendeid (77 miljonit dollarit).
(GenomeWeb News), 13.08.03

Suurbritannia tüvirakupanka paigutatakse esimene tüvirakuliin
Suurbritannia ja Põhja-Iiri Ühendatud Kuningriigi teadlased on teatanud Euroopas esimese inimembrüo tüvirakuliini loomisest. Töö leidis aset Londoni King's Kolledzis dr Stephen Minger’i ja dr Susan Pickering’i juhtimisel. Töörühma liikme prof. Peter Braude sõnade kohaselt võimaldab tüvirakupank teha maksimaalsel hulgal teadustööd minimaalse arvu embrüote baasil. Teadlased usuvad, et nendepoolne tüvirakkude saamine on täiesti eetiline, kuna blastotsüstid oleks vastasel juhul lihtsalt kõrvale heidetud. 
Uus tüvirakuliin loodi embrüote baasil, mis annetati implantatsioonieelse geneetilise analüüsi läbi teinud paaride poolt. Annetatud embrüod olid osutunud võimaliku geneetilise vea tõttu implantatsiooniks sobimatuteks ning neid ootas hävitamine. Briti seaduste kohaselt peab kunstliku viljastamise tarbeks loodud embrüod igal juhul hävitama, kui neid pole viie aasta jooksul kasutatud. Sellest hoolimata on avaldust kritiseerinud abordi-vastaste liikumised, kelle arvates on kõnealune teadus ebaeetiline ja mitte vajalik.
Ühendatud Kuningriigi tüvirakupanga varud tehakse kättesaadavateks kõigile Euroopa teadlastele eesmärgiga edendada fundamentaalseid teadusuuringuid uute ravimeetodite väljatöötamiseks (nt diabeedi ja Parkinsoni tõve jaoks). Dr Minger peab inimembrüo tüvirakkude terapeutilisi kasutusvõimalusi peaaegu piiramatuteks, kuna embrüonaalsed tüvirakud on võimelised arenema kõikideks inimkeha rakutüüpideks.
( Cordis), 13.08.03
(BBC), 13.08.03

WHO: loobuge kasvu soodustamisel antibiootikumidest
Maailma Tervishoiuorganisatsiooni (WTO) aruandes soovitatakse lõpetada antibiootikumide kasutamine loomakarjade kasvu soodustamiseks. Antibiootikumidest loobumisel väheneksid terviseriskid inimestele, samal ajal ei kahjustaks see loomade ega põllumeeste olukorda. Loomakasvatajad on juba 40 aastat kasutanud väikses koguses antibiootikume elujõus karja kasvu sootustamisel, väidetavalt vähendades infektsioonide ohtu, mis võiksid kahjustada kariloomade tervist. Teadlaste sõnul võib aga pidev antibiootikumide kasutamine muuta bakterid (sh inimhaigusi põhjustavad) antibiootikumidele resistentseks. 
Aastal 1998 keelati Taanis ametlikult loomadele antibiootikumide pidev toiduga manustamine. Hoolimata loomakasvatajate ennustustest, et loomad muutuvad tõbisemateks, liha mürgisemaks ja tootjatel tekivad majanduslikud raskused, on "Taani eksperiment" olnud edukas. WHO ekspertkomisjoni hinnangul peaksid Taani eeskuju järgima teisedki riigid.
(ScienceNow), 13.08.03

Ajurakkude eluiga on võimalik pikendada
Kesk-Florida Ülikooli molekulaarbioloog ja nanoteadlane on avastanud, et tööstuslikult kasutatavatel nanomaterjalidel on ootamatu ja tähelepanuväärne kõrvalmõju - need kolme- või neljakordistavad ajurakkude eluiga. Positiivne mõju võimaldaks inimestel elada kauem ja vältida vanusest tingitud terviseprobleeme. Tavaliselt elavad roti ajurakud laboritingimustes kolm nädalat. Nende töötlemisel umbes 30st aatomist koosnevate ja 10 nanomeetrist väiksemate nanoosakestega täheldati aga mitmekordset eluea kasvu. Professor Beverly Rzigalinski ja abiprofessor Sudipta Seal asuvad järgnevalt USA Tervishoiuinstituudi toetusel uurima avastuse toimemehhanismi ja võimalikke rakendusi.  
(EurekAlert), 13.08.03

Inimene on enam sarnane roti kui kassiga
Inimese DNA võrdlemine 12 looma omaga näitas, et meil on paljud geenid ühised ning, et inimesed on enam sarnased rottide kui kassidega. Samuti väidetakse ajakirjas Nature avaldatud uurimuses, et nn "rämps" DNA peab olema midagi olulist, kuna see on paljudel erinevatel liikidel peaaegu identne. Lisaks toetatakse ideed, et DNA lõigud, mid teatakse geenidena on vaid osa kogu geneetikast. Inimese Genoomi Uurimise Instituudi teadlaste rühm koostöös mitmete ülikoolidega võrdles ühte inimese DNA lõiku shimpansi, kassi, koera, lehma, sea, roti, hiire, kana, vöötkala jt liikide sama DNA fragmendiga. Inimestel on vaatlusalune DNA lõik põhjalikult uuritud piirkond, kus paikneb näiteks CFTR geen, mis muteerudes põhjustab tsüstilist fibroosi. Uurimisrühm kavandab genoomi 100 erineva piirkonna võrdlemist 13 erineval liigil. 
(Reuters), 13.08.03

Teadlased üritavad kasvatada luustikku
USA Carnegie Mellon Ülikooli teadlasterühm Jeffrey Hollinger'i juhtimisel asub USA Tervishoiuinstituudi toetusel arendama uut luu regenereerimise meetodit. Inimese luustikku (koosneb 206 suuremast luust) on võrreldud pilvelõhkuja teraskonstruktsiooniga ning see kaitseb organismi olulisi organeid. Samas on luustiku nõrgenemine vananemise, osteoporoosi ja traumade tagajärjel paratamatu. Hollingeri töörühm üritab taastada luustikku kutsudes organismi viidud mitte-viirusliku geeni (NTF) abil rakkudes esile luu kasvu. NTF geen viiakse piirkonda sünteetilise hüdro-geeli abil. Eelkliiniliste katsete käigus asutakse meetodi töökindlust kontrollima lõualuu taastamisel. 
(EurekAlert), 13.08.03

Järjestati surmava bakteri genoom
Teadlased lõpetasid igal aastal sadu tuhandeid inimesi surmava bakteri genoomi järjestamise. Loodetakse, et Bordetella pertussis'e genoomi lähemal uurimisel on võimalik leida efektiivsemaid ravimeetodeid ja vaktsiine nakkava läkaköha vastu. Maailma Tervishoiuorganisatsiooni hinnangul esineb aastas üle kogu maailma 20 kuni 40 miljonit nakkusohtliku läkaköha haigusjuhtu, millest 200 kuni 400 tuhat lõpevad surmaga. Suurbritannia, USA ja Saksamaa teadlastest koosnenud uurimisrühmal kulus genoomi 3800 geeni kirjeldamiseks aastaid. Lisaks järjestati ka kahe lähedalt seotud mikroobide B. parpapertussis'e ja B. bronchiseptica'e genoomid. Genoome tutvustav artikkel ilmus ajakirjas Nature Genetics
(BBC), 13.08.03

Järjestati fütoplanktoni tüvede genoomid
Kolmest
rahvusvaheliste teadlaste rühmast moodustatud konsortsium on sekveneerinud ühe maailma väikseima fotosünteetilise organismi fütoplanktoni neli erinevat vormi. Teadlased usuvad, et ühe-rakuliste organismide - kolm Prochlorococcus'e tüve ja üks lähedalt seotud Synechococcus -  genoomide järjestamisega on võimalik aidata kaasa globaalsete kliimamuutuste uurimisele. Organismide genoome tutvustatakse ajakirjades Nature ja Proceedings of the National Academy of Science. Uurimisprojektis osalenud Massachusetts'i Tehnoloogiainstituudi teadlase Sallie (Penny) Chisholm'i sõnul on oluline mõista, kuidas need organismid oma umbes 2000 geeniga muudavad päikeseenergia elavaks biomassiks. Esialgsete uurimistulemuste alusel võib väita, et kolme Prochlorococcus'e tüve genoomid on tulenevalt erinevatest mõjudest pidevas muutuses. Synechococcus'e tüve (WH8102) genoomis puudub aga tavaliselt bakterite liikumisvõimega seostatatav valk, millest hoolimata suudab see ujuda.
(GenomeWeb News), 14.08.03

Uus RNAi kohaletoimetamise meetod
Teadlased on asunud otsima väikeste terapeutilist mõju avaldavate sekkuvate RNA lõikude (siRNA) organismi toimetamise võimalusi. Viimasel ajal on mitmel korral näidatud, et vaid 21-23 nukleotiidist koosnevad kahe-ahelalised RNA molekulid (siRNA) suudavad edukalt pärssida soovimatu geeni ekspressiooni imetaja rakkudes. Jaapani instituudis RIKEN töötavad teadlased on Shunsuke Ishii juhtimisel töötanud välja uue vektori (pDECAP), mis võimaldab loodetavasti kasutada RNA lõike koespetsiifiliste geenide vaigistamisel. Ishii tutvustab töörühma uurimistulemusi ajakirjas Genes & Development. RNAi meetodi eelisteks on suhteline odavus ja kiirus. Need on aga olulised aspektid transgeensete loomamudelite loomisel ja seega soodustavad geenide funktsioonide uurimist. Traditsioonilistest meetoditest erineb kõnealune sellegi poolest, et soovitud geen vaigistatakse, kuid seda ei eemaldata. 
(BMN), 14.08.03

Tüvirakudefekt põhjustab levinud geneetilist häiret
Howard Hughes'i Meditsiiniinstituudi teadlased on avastanud, et Hirschsprungi tõbe, ühte enam levinud geneetilist häiret, põhjustab defekt, mis takistab neuraaltüvirakkude kujenemist närvideks, mis kontrollivad soolestikku. Hirschsprungi tõbi esineb kord 5000 sünni kohta ning põhjustab potentsiaalselt surmavat häiret, mis takistab toidu transporti soolestikus. Tänaseks on identifitseeritud tõbe põhjustavaid geneetilisi mutatsioone, kuid nende abil on seletatavad vaid umbes pooled juhtumitest. Uurimistulemuste kohaselt on tulevikus võimalik häiret korrigeerida, viies organismi neuraalseid tüvirakke soolesiku teisest piirkonnast. Uurimust juhtinud Sean J. Morrison, Toshihide Iwashita ja Eve Kruger tutvustavad tulemusi ajakirjas Science.
(ScienceDaily), 15.08.03

====================================
Tagasiside:
tel: 07 440428; 056 469494
email:  
arhiiv: nädalaülevaated

Sihtasutus Geenikeskus:
Riia 23b, Tartu, 51010
tel: 07 375030
email:
veeb: genomics.ee 

© 2003, SA Geenikeskus • Esitatud materjale võib reprodutseerida viidates autorile.