SA Eesti Geenikeskus - genomics.ee

 

EFB logoEuroopa Biotehnoloogia Föderatsioon (EFB) tähistab augusti lõpus Baselis toimuva 11-nda Euroopa Biotehnoloogia Kongressiga 25-ndat aastapäeva. Euroopa teadlaste poolt 1978. aastal asutatud EFB eesmärgiks on edendada ohutu ja eetiliselt vatuvõetava biotehnoloogia arengut, mis võimaldaks näiteks kasutada säästlikumalt loodusvarasid. Samuti soovib EFB tihendada Euroopa akadeemiliste ja ettevõtetes rakendatud teadlaste vahelisi kontakte ja koostööd, eesmärgiga tõsta piirkonna konkurentsivõimet, parandada haridust, edendada innovatsiooni ja luua võimalused biotehnoloogia rakendamiseks kogu ühiskonna hüvanguks. EFB koondab suurel hulgal ettevõtteid ja tuhandeid teadlasi ning üliõpilasi kogu Euroopas. Üksikisikute liitumine organisatsiooniga on tasuta. Online registreerumisvorm asub aadressil: http://www.efbweb.org/members/joinus.htm

Alates 2003. a. kevadest on Geenikeskus Euroopa Biotehnoloogia Föderatsiooni (EFB) harukontor Balti riikides. Vaata lähemalt  https://genomics.ee/index.php?lang=est&show=9&sub=85

Biotehnoloogia rahvusvahelises meedias 2003 - 31. nädal (28.07-03.08)

====================================
Sisukord:
Odavam mudel inimese geenide ja haiguste uurimiseks
Üksainus geen kontrollib lehe kuju
Vähile vastuvõtlikkust mõjutav geenivariant
ELis väheneb vähisurmade arv
Valkude vahelisi seoseid koondav andmebaas
SARS-i info jõudis PDB andmebanka
Määrati membraan-transport tüüpi valgu struktuur
Päikeseskalpell
Tõeline Elukindlustus - firma säilitab tüvirakke
Äädikakärbse eluiga mõjutavad geenivariandid
Avastati geenide vaigistamise mehhanism
Mikrokiip ennustab rinnavähi patsientidel reaktsiooni kemoteraapiale
Forelli genoomi uurimiseks pool miljonit dollarit
Ülikoolid soovivad suunata ravimiarendust

====================================

Odavam mudel inimese geenide ja haiguste uurimiseks
Purdue Ülikool asub USA Riikliku Tervishoiuinstituudi ühe miljoni dollari suuruse toetuse abil kujundama inimese arengu ja haiguste uurimiseks vöötkalast (zebrafish) peamist mudellooma. Kolmeaastase projekti eesmärgiks on luua isend, mille järglane päriks tema tema geneetilised muudatused (nt geen emaldatud või välja lülitatud). Eesmärgiks pole pelgalt kala geneetilise koodi muutmine vaid soov, et tehtud mudatused kanduksid edasi tulevastele generatsioonidele ehk nn knockout isendi loomine. Vöötkala on mudelloomaks sobilik, kuna tema geneetiline ülesehitus on lihtne. Hetkel on teadlased olnud võimelised looma vaid knockout hiiri. Sama mehhanismi kasutamine kaladel peaks geenide funktsioonide uurimist kiirendama ja odavamaks muutma, sest kalas saavad suguküpseks juba kolme kuuga.
(pressiteade), 28.07.03

Üksainus geen kontrollib lehe kuju
Vaid üksainus geen nimega PHANTASTICA (PHAN) määrab, kas taimel arenevad sulelised lehed nagu tomatil või vihmavarju-kujulised nagu taimel Oxalis. Sama mehhanismi jagavad suur rühm tolmnevaid taimi. Uurimust juhtinud California Ülikooli taimebioloogia professor Neelima Sinha sõnul oli üllatav, et vaid ühe tomatitaime geeni muutmine muudab taime lehtede kuju.
Taimede lehed jaotatakse kahte suuremasse rühma: lihtsad, ühelabalised (-teralised) ja liitlehed ehk mitmeset lehekesest koosnevad. Uurimuse käigus loodi geenitehnoloogiliselt tomatitaim, millel PHAN geen oli välja lülitatud. Sellistel geneetiliselt manipuleeritud tomatitaimedel arenesid tavapäraste lehtede asemel vihmavarju-kujulised lehed või vaid lehtedeta rootsud. Uurimistulemused leidsid kinnitust ülikooli herbaariumis oleva enam kui 500 kuivatatud ja elustaime PHAN geeni ekspressiooni analüüsimisel ja lehe kuju vaatlemisel. Uurimust tutvustav artikkel ilmus teadusajakirjas Nature.
(UC Davis), 28.07.03

Vähile vastuvõtlikkust mõjutav geenivariant
California Ülikooli teadlaste rühm seostab Aurora2 nime all tuntud geeni levinud varianti (Ile31) suurenenud vähki haigestumise riskiga. Geen kodeerib valku, mis etendab määravat rolli mehhanismis, mis tagab, et raku jagunemisel oleks mõlemas tütarrakus õige arv kromosoome. Variandi Ile3 korral on geen tavalisest aktiivsem, mistõttu tekib osadel rakkudel üleliigseid kromosoome. Tegemist on esimese näitega, kus inimorganismis on leitud raskesti tabatavat tüüpi madala intensiivsusega kasvajale vastuvõtlikkust mõjutav geen. Ajakirjas Nature Genetics avaldatud uurimistulemused kinnitavad ühe enam levinud arvamust, et teatud geenide levinud variandid võivad suurendada vastuvõtlikkust vähile, eriti siis, kui hulk selliseid geenivariante on päritud koos.
Tavaliselt on vähile vastuvõtlikkust suurendavad geneetilised faktorid olnud haruldased geenimutatsioonid, mis suurendavad märgatavalt vähi tekkeriski nagu näiteks rinnavähiga seostatud geenid BRCA1 ja BRCA2. Kuid teadlased on jõudnud arusaamisele, et need suurt mõju (high penetrance) avaldavad geenid vastutavad vaid 5-10 protsendi vähijuhtude eest. 
Hiiremudelid ja epidemioloogilised uuringud on näidanud, et enamike vähivormide osas tuleneb suurenenud vastuvõttlikkus paljude üksikult väikest mõju (low penetrance) avaldavate polümorfismide koostoimest, mis mõjutavad raku kontrollimehhanisme. Üksikult pole need variatsioonid ohtlikud.  

(ScienceDaily), 29.07.03

ELis väheneb vähisurmade arv
Värske uurimuse kinnitusel väheneb ELis surmade arv, mis on tingitud vähktõvest. Onkoloogiaajakirjas avaldatud uurimus tugineb 5-aastase Euroopa vähiprogrammi tulemustele, mille eesmärgiks on vähendada vähktõve esinemist ning vähki suremist. Programm on suunatud üldsuse harimisele ja informeerimisele, tervishoiuspetsialistide koolituse parandamisele ning läbi koostööprojektide ressursside koondamisele Euroopas.
Vastupidiselt algsetele hinnangutele, mille kohaselt pidi vähisurmade arv tõusma 850 000-lt 1985. aastal 1,03 miljoni juhtumini 2000. aastal, esines ELis 2000. aastal üle 92 500 vähisurma planeeritust vähem. Selle näitajaga ei täidetud kahjuks veel ELi vähiprogrammi peamist eesmärki – vähendada vähktõvest põhjustatud surmajuhtumite arvu 2000. aastaks 15 % võrra. Programmi juhtiv teadlane professor Peter Boyle on siiski optimistlik, kuna vähisurmade vähenemine on olnud märkimisväärne ning surmajuhtumite arvu kardetud tõusu pole toimunud. 
Uurimus tõestab, et vähktõvest tingitud surmajuhtumite koguarv on ELis meeste seas langenud 10 % ja naiste seas 8 %. Soomes ja Austrias on õnnestunud vähendada vähisurmade arvu nii meeste kui naiste seas 15 %. Ühendatud Kuningriik ja Luksemburg on jõudnud samale tasemele, kuid seda vaid meeste osas. Portugalis ja Kreekas tuli aga nii naiste kui meeste puhul tunnistada oodatust suuremat vähisurmade arvu. 
Prof. P. Boyle juhib siinkohal tähelepanu suitsetamise jätkuvale levikule ning sellest tulenevatele terviseprobleemidele nii meeste kui naiste seas. Tema sõnul on näiteks suitsetavatel naistel võrreldes mittesuitsetajatega tunduvalt suurem risk surra kopsuvähki. P. Boyle peab taunimisväärseks asjaolu, et suitsetavate naiste arv järjest kasvab. See peegeldab tema arvates seniste rahvatervise programmide läbikukkumist ning kujutab endast lähituleviku suurimat väljakutset. Igas ELi riigis tuleb seada eesmärgiks vähendada kopsuvähki surevate naiste arvu vähemalt samavõrra, kui on praeguseks suudetud vähendada kopsuvähki surevate meeste arvu. Omal kohal on siinjuures ka tubakavastane selgitustöö, seda eeskätt naiste seas. 
(Cordis), 29.07.03

Valkude vahelisi seoseid koondav andmebaas
Texase A&M Ülikool koondada valkude kohta olemasoleva informatsiooni ühte põhjalikku veebipõhisesse andmebaasi nimega Binding Interface Database. Esimese aastaga koguti andmebaasi (http://tsailab.tamu.edu/BID) info 245 valgupaari ja nende enam kui 1500 kirjeldatud seose kohta. Andmebaasi ülesehitamiseks kulus projekti algusest 9 kuud. Projekti haldav Dallase Ülikooli biokeemia doktorandi kinnitusel saavad teadlased külastada internetilehte ning otsida infomatsiooni uuritava valgu või temaga seotud valkude kohta. Andmebaasi lisatakse vaid bioloogiliselt olulisemad valgud. Käesolevaks hetkeks on teada vähem kui 500 seoseid loova valgu (interacting protein) struktuur, kuigi valkude andmebaasis on umbes 20 000 valku.
(pressiteade), 30.07.03

SARS-i info jõudis PDB andmebanka
New Jersey Riiklik Ülikool tegi avalikkusele kättesadavaks kolmemõõtmelise SARS viiruse peamise proteaasensüümi struktuuri. Biomeditsiini valdkonna teadlastele on see oluline, kuna usutakse, et just kõnealune ensüüm võiks kujuneda viiruse vastase teraapia peamiseks ravimärklauaks. Rutgersis asuva Valkude Andmepanga (The Protein Data Bank (PDB)) direktori, keemia ja keemilise bioloogia professori Helen M. Berman'i, sõnul avaldati info kiiresti, kuna keskusel on kasutada väga head tehnoloogilised lahendused. Struktuuri määras San Diego biotehnoloogiafirma Structural GenomiX, Inc., kes edastas andmed PDB andmepanka, kus need töödeldi andmebaasile sobivasse formaati. PDB on veebipõhine bioloogiliste makromolekulide kohta kolmemõõtmelist infot koondav rahvusvaheline allikas. 
(EurekAlet), 30.07.03

Määrati membraan-transport tüüpi valgu struktuur
Tosin aastat kestnud uurimistöö tulemusena valmis esimene detailne membraan-transport tüüpi valgu struktuur. Ajakirjas Science kirjeldatakse esmakordselt valke, mis kuuluvd molekulide klassi, mille peamiseks üleandeks on erinevate molekulide näiteks nii toitainete kui neurotransmitterite viimine läbi rakumembraani. Membraan-transport valgud etendavad rakus sedavõrd olulist rolli, et häireid nende töös seostatakse paljude haigustega (nt depressioon, südameatakk, diabeet). California Ülikooli Howard Hughes'i Meditsiiniinstituudi teadlane H. Ronald Kaback ning So Iwata ja Jeff Abramson (Imperial College London) pakuvad välja bakteriaalse membraan-transport valgu lactose permease (LacY) kolmemõõtmelise struktuuri. 
(EurekAlet), 31.07.03

Päikeseskalpell
Iisraeli teadlased katsetasid uut tehnoloogiat, mille kasutamine loomadel oli seni piiratud – operatsiooni käigus eemaldati päikesekiire abil maksakahjustus. Beersheba Ben-Gurion’i Ülikooli teadlasterühm kinnitas ajakirjas Nature, et päikesevalguse abil eemaldati kahe anesteseeritud roti maksast kasvajatükikesed. Operatsioonile eelnesid katsed kanadel. 
Päikesevalguse näol on tegemist kuluefektiivse alternatiiviga lasertehnoloogiale, mis on tänaseks leidnud kasutuse enamikes operatsioonisaalides. Laserkiiri tekitab aga kallis aparatuur, mis võib kahjustada tehnikat käsitsevate inimeste silmi. Iisraeli teadlased – insenerid, füüsikud ja arstid – teostasid oma projekti Negev’i kõrbepiirkonnas. “Päikeseskalpell” tekitati fiiberoptilise kontsentraatori poolt, mis suudab koguda päikesevalgust ning suunata selle operatsioonisaali. Operatsiooni järgselt tulid rotid taas teadvusele, kõik nende normaalsed funktsioonid taastusid. Hiljem rotid siiski surmati, et teadlased saaksid lahkamisel kinnitust läbiviidud operatsiooni edukusest. 
Kirjeldatud tehnoloogia ei pruugi olla praktiline kasutamiseks Euroopas, kuna vaid üksainus pilv, mis varjutab päikese, katkestab energiaühenduse. Seevastu arenguriikide jaoks, kus klimaatilised tingimused on soodsad, on tegemist vägagi potentsiaalse tehnoloogiaga. Seda enam, et vaesed riigid ei saa endale sageli kallist laserravi lubada.

(Cordis), 31.07.03

Tõeline Elukindlustus - firma säilitab tüvirakke
Ameerika firma pakub uut liiki “kindlustust”, mis seisneb selles, et inimesed maksavad oma tervete tüvirakkude kogumise, töötlemise ja säilitamise eest tulevaste terviseprobleemide tarbeks. Firma NeoStem, mis on keskendunud täiskasvanud tüvirakkude teraapiale, tutvustas oma uut kindlustusliiki "Tõeline Elukindlustus", mida hakkatakse klientidele agentide vahendusel pakkuma.
Samas kui traditsiooniline elukindlustus on tähtajaline või eluaegne ja on mõeldud abikaasa ja/või ülalpeetavate kaitseks, on “Tõelise Elukindlustuse” eesmärgiks oma kliendid elus hoida. Firma teatel suurendavad inimesed oma tüvirakke säilitades võimalust oma elu pikendada ja eesolevatest haigustest edukalt terveneda. Patsiendi enese täiskasvanud tüvirakkude siirdamine on efektiivsem kui teise inimese rakkude siirdamine, sest see ei kutsu esile immuunsüsteemi reaktsiooni.
Firma kinnitusel kujuneb tüvirakuteraapia järgneva paarikümne aasta jooksul meditsiini peamiseks nurgakiviks.
(Betterhumans), 31.07.03

Äädikakärbse eluiga mõjutavad geenivariandid
Dopamiin ja serotoniin, kaks närvisüsteemi neurotransmitterit, on seotud nii mälu, liikumise, une kui ka emotsionaalse käitumisega. Lisaks seostatakse neid selliste haigustega nagu Parkinsoni tõbi ja tujuhäired. Nüüd võib loetelusse lisada ka pikaealisuse.
Ajakirjas Nature Genetics avaldatud Põhja-Carolina Riikliku Ülikooli teadlaste uurimuse kohaselt mõjutavad äädikakärbse eluea pikkust 15% osas ühe geeni kolm varianti. Kolm dopamiini ja serotoniini tootmiseks vajaminevat ensüümi tekitava geeni (DOPA decarboxylase) loomulikku varianti ettendavad äädikakärbse eluiga mõjutavas geneetilises komponendis enneolematult suurt rolli.
Uurimust juhtinud dr Trudy Mackay kinnitusel on tegemist üllatavalt suure mõjuga, sest kompleksset geneetilist tunnust nagu eluiga kontrollib tavaliselt suur hulk erinevaid geene. Mackay arvates on tulemused kindlasti võrreldavad ka inimese organismis, sest äädikakärbes ja inimene on geneetiliselt väga sarnase ülesehitusega. Näiteks on erinevad uurimisprojektid tuvastanud, et kahel kolmandikul teadaolevatest inimhaigustega seotud geenidest on olemas vasted äädikakärbse genoomis. 
(ScienceDaily), 31.07.03

Avastati geenide vaigistamise mehhanism
Igas inimese rakus on ca 35 000 geeni, kuid enamikes rakkudes on neist suur osa välja lülitatud või vaigistatud, et takistada rakutüübile mittevajalike valkude tootmist. Näiteks on tuhanded geenid aktiivsed ainult embrüo arengu ajal, sest nende ainsaks eesmärgiks on tagada loote korrapärane areng. Need geenid on olemas ka täiskasvanud inimese organismi igas rakus, kuid on välja lülitatud ehk vaigistatud. Mitmete vähivormide korral on aga avastatud, et embrüogeneesiga seotud geenid on ekslikult aktiivsed, põhjustades kontrollimatut rakkude kasvu, mis on eelduseks kasvaja arengule.
Wistar'i Instituudi teadlased on identifitseerinud mehhanismi, mis vaigistab embrüogeneesiga seotud geenid. Veelgi enam, vaigistamine on päritav, st raku jagunemisel ei säilita tütarrakud ainult kogu DNA koopiat vaid ka embrüogeneesis osalevate geenide vaigistamise. Ajakirjas Genes & Development ilmunud uurimuses kirjeldatud mehhanismi täpsem tundmine võib võimaldada arendada uudseid vähiteraapiaid, mis taasvaigistaksid ekslikult aktiveerunud geenid.   
(ScienceDaily), 01.08.03

Mikrokiip ennustab rinnavähi patsientidel reaktsiooni kemoteraapiale
Ajakirjas The Lancet avaldatud uurimuses näidatakse, et analüüsides geeniekspressiooni, on võimalik mikrokiipide abil ennustada, millised rinnavähi patsiendid alluvad kemoteraapiale. Osaliselt firma Aventis poolt rahastatud kaks aastat kestnud uurimus hõlmas 24 patsienti, kes tarvitasid levinud rinnavähi vastast kemoteraapiaravimit docetaxel. Uurimuse käigus identifitseeriti 92 geeni, mis korrelleerusid docetaxel'ile reageerimise tulemustega. Vaatlusaluste geenide abil õnnestus 92 protsendilise täpsusega ennustada ravimi tarvitamisele järgnenud reaktsiooni. Uurimust juhtinud Sloan-Kettering'i Vähikeskuse günekoloogia ja rinnavähi uurimise laboratooriumi direktor Jeff Boyd kinnitab, et see on esimeseks uurimuseks, kus õnnestus edukalt ennustada rinnavähi patsientide reaktsiooni kemoteraapia ravile.
(GenomeWeb), 01.08.03

Forelli genoomi uurimiseks pool miljonit dollarit
USA Senati komisjon eraldas Lääne-Virginia Ülikoolile forelli genoomi kaardistamiseks pool miljonit dollarit. Toetus on osa Lääne-Virginia osariigi senaatori Robert Byrd'i välja kaubeldud 11,6 mln dollarilisest rahastamisskeemist, mis on mõeldud tema koduosariigi põllumajandus- ja veekultuuri projektidele. 

(GenomeWeb), 01.08.03

Ülikoolid soovivad suunata ravimiarendust
Kolm California ülikooli on ühendanud jõud mittetulundusorganisatsioonis eesmärgiga arendada uusi ravimeid haiguste vastu, mida sageli ebaolulistena kõrvale heidetakse. California Ülikool San Franciscos ja San Diegos koos Stanfordi Ülikooliga saavad tehingu alusel firmalt SRI International poole miljonit dollari väärtuses tasuta konsultatsiooni võimalike uute ravimikandidaatide osas. SRI, mis osutab firmadele ja valitsusasutustele farmaatsia-alast arendusteenust, loodab, et neid valitakse hiljem eksperimentaalsete ravimite eelkliiniliste katsete korraldajaks. Kõnealune kokkulepe on järjekordne ülikoolide katse alustada neile tundmatu ravimiarendusega. Eelnevalt on näiteks Harvardi Ülikooli neurodegeneratsiooni ravimeid arendav laboratoorium (LDDN) asunud samal teemal läbirääkimistesse umbes 20 firma ja mõne riskikapitali pakkujaga. 
Ettevõtmine nimetusega PharmaStart peaks erinevalt LDDN-i lähteainete valimisest ja esialgsest bioloogilisest testimisest liikuma ravimiarenduse protsessis enne ravimikandidaadi üleandmist farmaatsiafirmale palju kaugemale. Samas rõhutavad PharmaStart'i juhid, et neil pole soovi ega võimsust võistelda farmaatsiafirmadega. Eesmärgiks on täita firmade poolt jäetud lüngad ja keskenduda haruldasemate ning enam arengumaades levinud haiguste vastastele ravimitele. PharmaStart'i eestvedajad loodavad, et vähendades oluliselt inimkatsete faasis ebaõnnestumise tõenäosust, on ravimiarendamisprotsessi hilisemates faasides väiksema sühtrühmaga ravimitest huvitatud ka suured farmaatsiafirmad.
(ScienceNow), 01.08.03

====================================
Tagasiside:
tel: 07 440428; 056 469494
email:  
arhiiv: nädalaülevaated

Sihtasutus Geenikeskus:
Riia 23b, Tartu, 51010
tel: 07 375030
email:
veeb: genomics.ee 

© 2003, SA Geenikeskus • Esitatud materjale võib reprodutseerida viidates autorile.