SA Eesti Geenikeskus - genomics.ee

 

Biotehnoloogia rahvusvahelises meedias 2003 - 19. nädal (05.05-11.05)

====================================
Sisukord:
Affymetrix pakub SARS viiruse DNA-kiipi
Viirusega ajukasvaja vastu
Geen mõjutab eluea pikkust
Kemoteraapia edu sõltub geenidest
Roche lubab 2004.a. lõpuks kuut uut geenitesti
Soovitakse patenteerida SARS viiruse geenijärjestust
Ärinormid ja populatsioonigenoomika
Genoomika keskus loob koepanga
Valmis uus genoomika kompleks
Geenitest rinnavähi leviku hindamiseks
Standardid embrüonaalsetele tüvirakkudele
Šotlased kavandavad Brittidest eraldi geeniprojekti

====================================

Affymetrix pakub SARS viiruse DNA-kiipi
Juhtiv DNA-kiipide valmistaja Affymetrix teatas, et on tootevalikut täiendanud SARS viiruse kiibiga, millega on võimalik isoleerida ägedat akuutset hingamisteede sündroomi (SARS) põhjustava koronoviiruse erinevaid tüvesid. Kiip valmis Kanada, USA ja Aasia teadlaste rühma poolt valminud genoomijärjestuse tulemusel. Tänaseks on täiendavalt  avaldanud järjestused ka Singapuri, Hong Kongi ja Pekingi teadlaste töörühmad. Uus kiip sisaldab kogu viirust ehk 29 700 aluspaari ning on mõeldud viiruse võimalike mutatsioonide uurimiseks erinevates piirkondades ja populatsioonides. Sarnaselt Affymetrixile on SARSi kiibi valmistanud firma Combimatrix. Mitmed teised ettevõtted pakuvad SARSi avastamiseks PCR diagnostikakomplekte.
(GenomeWeb), 06.05.03

Viirusega ajukasvaja vastu
Ajakirjas Journal of the Natonal Cancer Institute (vol 95, lk 652) avaldatud uurimuse kohaselt on geneetiliselt muundatud külmetusviirus tõhusaks relvaks surmava ajuvähi vastu. Kasvaja vastased mikroobid on osutunud hiirtel läbiviidud katsete käigus niivõrd edukaks, et teadlased soovivad järgmisel aastal alustada kliiniliste katsetega. Viirus Delta-24-RGD hävitas hiirtele siirdatud närvitoendkasvaja (ehk neurogliakasvaja) 60% juhtudel. Veel avaldamata uurimuse kohaselt on efektiivsust võimalik tõsta teraapia kombineerimisel teiste ravivõtetega. Texase Ülikooli Vähikeskuse teadlase Juan Fueyo hinnangul pole seni samaväärset edu täheldatud ühegi teise loomadel või inimestel katsetatud ravivõttega.
Närvitoendkasvaja on surmav ajuvähivorm, mis sageli taasaktiviseerub pärast kirurgilist sekkumist ja kiiritusravi. Fueyo sõnul kaasneb selle tuumori diagnoosimisega "surmaotsus," sest patsiendid ei pea enamasti vastu kauem kui aasta. Seetõttu otsitakse kasvaja ravimiseks uudseid võimalusi. Üheks võimaluseks on nakatada kasvajarakud geneetiliselt muundatud viirusega, mis hävitaks vaid tuumorrakud.

(NewScientist), 06.05.03

Geen mõjutab eluea pikkust
Teadlased on astunud sammukese lähemale pikaealisuse taga peituvate saladuste uurimisel. Ameerika Ühendriikide teadlased on identifitseerinud geeni, mis mõjutab pärmi organismi eluiga. Teadlased usuvad, et leid võimaldab avastada sarnaseid geene ka inimesel. Pärmi ja inimese organismides on paljud geenid identsed, seetõttu on tihti pärmi geenide kaudu osutunud võimalikuks seletada inimese geenide funktsioone.
Dr David Sinclair'i juhtimisel leidsid Harvardi Ülikooli Arstiteaduskonna teadlased, et geen PNC1 mängib olulist rolli pärmi organismi eluea pikkuses. Näiteks täheldati, et geeni viie koopia korral võib organism elada kuni 70% võrra tavalisest pärmist kauem. Geen reguleerib nikotinamiidi - B3 vitamiini ühe vormi - tootmist. Eelnevalt on teada, et madal nikotinamiidi tase pikendab rakkude eluiga, samal ajal kui selle kõrge tase põhjustab rakkude kiiremat surma. 
(BBC), 07.05.03

Kemoteraapia edu sõltub geenidest
McGilli Ülikooli teadlaste uurimus näitab, et vähi vastase ravi tõhusust mõjutab geneetika. Ajakirjas Clinical Cancer Research avaldatud 43 patsienti hõlmanud uurimuses kirjeldatakse, kuidas käärsoole-pärasoole
vähki põdevad teatud geenivariandiga ( MTHFR) patsiendid reageerivad ravile tavalisest paremini. Vaatlusalustest avastati kirjeldatud geenivariant 26 patsiendil ning nende ravitulemused oli oluliselt paremad kui geenivariandita patsientidel. Uurimuse juhi dr. Rima Rozen'i sõnul kinnitavad tulemused vajadust muuta vähiravi personaalsemaks. Kindlasti kehtib see nimetatud geenivariandiga patsientide kohta, keda on hinnanguliselt 10-15% kõigist käärsoole-pärasoole vähi patsientidest. Kanada Vähiühing ennustab, et tänavu diagnoositakse haigus 18 000 Kanada elanikul. Uurimust finantseeris firma Variagenics.
(ScienceDaily), 07.05.03

Roche lubab 2004.a. lõpuks kuut uut geenitesti
Roche Holding AG  kavatseb järgneva 18 kuu jooksul tuua turule kuus geenitesti, mis aitaksid hinnata patsiendi reaktsiooni teatud ravimitele, avastada viirusi või vähi tekkimise riski. Juhtivalt kiibitootjalt Affymetrix litsentseeritud tehnoloogial baseeruvate toodetega soovib Roche haarata DNA-kiibi diagnostikas juhtrolli ja kindlustada maailma juhtiva diagnostikafirma positsiooni, pakkudes arstidele ja patsientidele informatsiooni, mis võimaldab vältida või ravida haigust. Käesolevas kvartalis turule tulev CYP450 kiip määrab patsiendi ainevahetuse kiirust, misjärel saab määrata patsiendile sobiva annuse ravimit. Tulevikus võib testi abil anda juba igale vastsündinule soovitusi teatud kardiovaskulaarsete ravimite või antidepressantide kasutamise/mitte kasutamise kohta. Roche loodab, et toote aastakäive küündib viie aasta jooksul 100 miljoni Šveitsi frangini, ehk ca 75 miljoni dollarini.
Diagnostikadivisioni juhataja Heino von Prondzynski sõnul on 2004 aasta lõpuks oodata teste, mis hõlbustavad sobivaima tsüstilise fibroosi, kaela
vähi, käärsoole-pärasoole vähi ja HIV ravi valikut. Prondzynski sõnul ei oodata toodetelt väga suurt käivet, kuid nad peaks kinnitama tehnoloogia elujõulisust ja edu järgnevateks aastateks. 2006.a. peaks valmima leukeemia-kiip, mis asendaks hetkel selle vähi diagnoosimiseks kasutatavad tehnoloogiad.
(Reuters), 07.05.03 

Soovitakse patenteerida SARS viiruse geenijärjestust
Teadlased ja firmad kiirustavad patenteerima SARSi põhjustava viiruse geneetilist koodi. Kanada töörühm, kellel õnnestus koronoviiruse täielik järjestus esimesena avaldada kinnitas, et soovib selle patendiga kaitsta, et tagada selle kättesaadavus kõigile soovijatele. Sarnase patenditaotluse on esitanud ka üks Hong Kongi firma. Kanada töörühma liikmed kardavad, et firma patent võiks aeglustada viiruse vastase ravi ja vaktsiini väljatöötamise protsessi. Tegemist on vastuolulise protsessiga, kus ühed leiavad, et geenide avastamist peaks käsitlema "avastuse" ja mitte patenteeritava "leiutise" mõistes. Samuti on viimasel ajal täheldatud, et teadlased üritavad avastatud geene patenteerida just eesmärgil, et välistada nende monopoliseerimine firmade poolt.

(BBC), 07.05.03

Ärinormid ja populatsioonigenoomika
Käimasolevad arutelud genoomika-alase info äris rakendamisest tulenevate hüvede jagamisest väljendavad ühiskonnas toimuvaid globaalseid muutusi. Pennsylvania Ülikooli Bioeetika keskuse esindaja John Merz leiab, et olemasolevad põhimõtted pole arenenud ühes taktis ärinormidega, seda eelkõige USAs, kuna teadustöös osalejate huvid jäävad sageli tähelepanuta. Samal ajal on Inimese Genoomi Organisatsiooni (HUGO) juhised hüvede jagamiseks mõjutanud populatsiooniuuringuid Islandil, Eestis, Rootsis ja Newfoundlandil.  
Populatsioonigeneetika lubadused avastada haiguste geneetilisi põhjuseid ja uusi ravivõtteid on motiveerinud paljusid huvigruppe selles protsessis osalema. Samas on selge, et patsientidel, teadlastel, tervishoiutöötajatel, ülikoolidel, valitsusasutustel ja erafirmadel on sageli konfliktsed huvid uurimistöö tulemuste suhtes, nendib Merz. Seda hoolimata üldisele ja laiapõhjalisele veendumusele, et teaduslike avastuste ja nende levikuga kaasneb progress.
Artiklis vaadeldakse lähemalt peamiste huvigruppide motivatsiooni protsessis osaleda ning probleeme, mis võivad esile kerkida hüvede jagamisel. Näiteks on heaks tavaks jätta patsientidele otsustamisõigus ning ühelt poolt mitte "osta" geneetilist materjali, kuid teiselt poolt mitte võimaldada seda müüa. Vabatahtlikkuse sätestamine ja eraomandi põhimõtte mitterakendamine tuleneb DNA ühisomandi laadsest iseloomust, kinnitab Newfoundlandi Ülikooli meditsiinieetika aseprofessor Daryl Pullman. Populatsioonigeneetika projektides on osalejaks kogu populatsioon, mitte üksikisikud ning seetõttu kuuluvad ka hüved kõigile, mitte ainult uurimisprojektis osalenutele. Pullmani hinnangul peaks inimese tervist käsitlema majanduslikust teooriast tuntud avaliku kaubana (hüvena), mitte tavalise kaubana. 
Kuigi HUGO soovitab eraldada vähemalt 1-3% aastatulust tervishoiule ja humanitaarseteks ettevõtmisteks, siis nn "payment-in-kind" põhimõte rakendamine hüvede jagamisel arvestaks enam populatsiooniuuringute ühiskondliku loomust. Näiteks on juhtiv bioeetik Bartha Knoppers nimetanud indiviidide koematerjali loovutamist "tingimusliku kingitusena," mis sõltuvalt kokkulepetest kohustab jagama tulevasi hüvesid tervishoiusüsteemiga, kus uurimus läbi viidi. Knoppersi arvates on "payment-in-kind" põhimõte võimalik vaid tsentraliseeritud tervishoiusüsteemiga riikides nagu Suurbritannia või Island, kus "kulude katmine ühisest kassast eeldab ühiselt jagatud hüvesid." Seevastu detsentraliseeritud või segatud põhimõttel toimivas tervishoiusüsteemis nagu USA ja Rootsi, kus tervis on pigem eraasi, kasutatakse tavaliselt individuaalsemaid hüvede jaotamise skeeme.
(Biomed), 08.05.03

Genoomika keskus loob koepanga
USA haigla (North Shore-Long Island Jewish Research Institute) genoomika uurimise keskus loob inimeste vabatahtlikult loovutatud koeproovidest koepanga, eesmärgiga uurida haigusi põhjustavaid pärilikke ja keskkonnafaktoreid. Projekti loodetakse kaasata 20 000 täiskasvanut. Haigla teate kohaselt annetaksid patsiendid "mõned lusikatäied verd ja operatsiooni käigus ülejäänud koeproovi." Uurimisasutuse juhi Peter Gregersen'i selgituste kohaselt on kunagi meditsiinijäätmeteks peetud materjalil tänapäeval tähelepanuväärne teaduslik väärtus. Haigla teatel on teadlastel annetatud koe- ja vereproovide ning nendega seotud täpse patsiendiinfo baasil võimalik leida seoseid haiguste ja geneetiliste faktorite vahel. Proovide kogumist alustatakse soolevähi patsientidelt North Shore Ülikooli Kliinikus. 
(GenomeWeb), 08.05.03

Valmis uus genoomika kompleks
USA Riiklik Tervishoiuinstituut ja Marylandi Ülikool (Baltimore) avavad 78 miljonit dollarit maksva kompleksi, mis on mõeldud nakkushaiguste ja proteoomika uurijate töökeskkonna parandamiseks. Ajalehe Baltimore Sun teatel asuvad kuuekorruselises ja 100 000 ruutjalase pinnaga kompleksis tööle umbes 250 arsti- ja farmaatsiateaduskonna teadlast. 
(GenomeWeb), 08.05.03

Geenitest rinnavähi leviku hindamiseks
Geenitest võimaldab ennustada rinnavähi levikut ja seega naise võimalusi haigus alistada. Duke'i Ülikooli North Carolinas asuva Meditsiinikeskuse teadlased väidavad, et nende väljatöötatud testi abil saavad arstid kohandada rinnavähi vastase ravi vastavalt patsiendi vajadustele. Tänapäeval hindavad arstid rinnavähi agressiivsust sageli selle järgi, kas kasvaja on levinud lümfisõlmedesse. Statistiliselt on naistel, kelle rinnavähk pole lümfisõlmedesse levinud, suurem tõenäosus haiguse alistamiseks. Kuid tegemist pole veekindla meetodiga, sest üsna sageli esineb ka erandeid. 
Uus meetod analüüsib 50-100 sarnaste tunnustega geenikobarate (klastrite) aktiivsust. Ajakirjas Lancet avaldatud uurimistöö käigus avastati mitmed klastrid ehk metageenid, mis näivad kontrollivat kasvaja iseloomu ning selle allumist ravile. Meetod on osutunud täpseks, sest ennustab 90% tõenäosusega, kas naistel, kelle kasvajad ei ole lümfisõlmedesse levinud, võiks vähk aktiviseeruda kolme järgneva aasta jooksul. Töörühma liige dr. Erich Huang ütles, et "meie mudel on seni parimaks meditsiini personaalsemaks muutumise näiteks." Professor Alan Ashworth usub, et tulevikus on võimalik muuta personaalseks iga rinnavähki põdeva naise ravi.
(BBC), 08.05.03

Standardid embrüonaalsetele tüvirakkudele
Ajakirjas Science ilmus rühma teadlaste ülevaade inimese embrüonaalsetest tüvirakkudest ja nende võimalikest standarditest. Eelkõige on autorite eesmärgiks algatada teaduslik diskussioon, mille tagajärjel kehtestataks inimese embrüonaalsete tüvirakkude hindamise standardid, et oleks võimalik võrrelda ja klassifitseerida olemasolevaid ja loodavaid tüvirakuliine. Samuti võimaldaks ühtsete standardite kehtestamine inimese embrüonaalsete tüvirakkude lihtsamat võrdlust nt hiirte ja ka teiste katseloomade omadega.
(Science vol.300, nr.5621, lk.913-916), 09.05.03 

Šotlased kavandavad Brittidest eraldi geeniprojekti
Šoti teadlased plaanivad luua oma geenipanga. Hinnanguliselt 114 miljonit naela maksva projekti raames soovitakse koguda 50 000 patsiendi koeproovid. Geeniandmebaas nimega Generation Scotland oleks konkurendiks Briti Meditsiini Uurimise Nõukogu (MRC) loodavale biopangale UK Biobank. Erinevalt Briti projektile lubatud avaliku sektori 45 miljoni naela suurusest toetusest loodavad šotlased projekti finantseerida farmaatsia- ja biotehnoloogiafirmade (nt Scottish Executive), kuid ka Šoti ülikoolide kaasabil. Šotlased plaanivad keskenduda sellistele haigustele nagu vähk, südamehaigused, insult ja vaimuhaigused. Erinevalt Brittidest soovitakse projekti kaasata haiged või siis inimesed, kelle perekonnas on haigus esinenud tavalisest sagedamini.
Projekti eestvedaja, Edinburghi Ülikooli meditsiinigeneetika professor, David Porteous usub, et projekt Generation Scotland annab tulemusi kiiremini, sest uuritakse konkreetsete haigustega patsiente, mitte kogu populatsiooni. Esimesi tulemusi on Porteous'i sõnul oodata viie kuni kümne aasta jooksul, samal ajal kui Briti projektist ei loodeta midagi enne 15-20 aastat. Lisaks haiguste uurimisele peaks andmebaas võimaldama uurida indiviidide reaktsiooni ravimitele. Sarnaselt Briti projektile peavad osalejad loovutama koeproovi ja avaldama oma terviseinfo. Geeni- ja terviseandmete andmebaasi haldaks Šotimaa Riiklik tervishoiusüsteem (NHS Scotland). Andmete uurimiseks moodustatakse eraldi teadusüksus ning tulemuste kommertsialiseerimiseks äriüksus. Alles nüüd avalikuks saanud projekti Generation Scotland ettevalmistamiseks toimus teadlaste esimene kohtumine Edinburghi Kuninglikus Ühingus juba möödunud aastal. 
(Sunday Herald), 11.05.03 

====================================
Tagasiside:
tel: 07 440428; 056 469494
email:  
arhiiv: nädalaülevaated

Sihtasutus Geenikeskus:
Riia 23b, Tartu, 51010
tel: 07 375030
email:
veeb: genomics.ee 

© 2003, SA Geenikeskus • Esitatud materjale võib reprodutseerida viidates autorile.