SA Eesti Geenikeskus - genomics.ee

 

Biotehnoloogia rahvusvahelises meedias 2003 - 18. nädal (28.04-04.05)

====================================
Sisukord:
Ameerika ajakiri tutvustab Geenivaramut
HUGO aastakonverents tähistas inimese genoomi järjestamist
Kana genoom järjestatakse aasta lõpuks
Järjestati antraksi bakteri genoom
Euroopa Komisjon soovib näha T&A investeeringute kasvu
Jaapani firma kasutab DNA-d allkirjade turvalisuse tagamisel
Farmakogeneetika ja genotüpiseerimine: SNP-de jahil
Euroopas on GMOde uurimine järsult vähenenud
Avaldati SARS viiruse genoomi järjestus
Gates'de fond eraldas raha genoomikale
Austraalia paigutab biotehnoloogia tööstusse 6 miljonit

====================================

Ameerika ajakiri tutvustab Geenivaramut
Väljaandes The Chronicle of Higher Education tutvustatakse Eesti Geenivaramu projekti. Harvardi Ülikooli geneetiku David L. Altshuleri sõnul usutakse hetkel kahtlustamisele mitte kuuluvat eeldust, et suurtelt populatsioonidelt DNA proovide kogumine kätkeb suurt meditsiinilist väärtust. Kuigi tegemist on vaid hüpoteesiga, mida paljud järgivad, ei ole kindel, kas see vastab tõele. Ta lisab, et piltlikult öeldes on tegemist õnnemänguga. 
Eestlased on otsustanud riskida. Väike riik Läänemere kaldal on määramas tempot ülemaailmsel liikumisel geneetilise meditsiini poole. Selleks on Eestis kehtestatud seadus, mis on kujunenud mudeliks teistele geeniandmebaaside loomisest huvitatud riikidele, sätestades ranged eetikanõuded ja geenidoonori salastatuse.
Artiklis tuuakse ära viited projekti kritiseerinud dr. Tasmuthi ja Mae-Wan Ho seisukohtadele. Samuti vahendatakse Inimese Genoomi Organisatsiooni Eetikakomitee esimehe Bartha Maria Knoppersi sõnu: "Eesti seadus on päris heaks mudeliks" teistele riikidele. Knoppersi sõnul on Eesti õppinud Islandi geeniprojekti vigadest. Läti Genoomi Projekti eestvedaja Läti Ülikooli professor Valdis Pirags tunnistab, et tegelikult saadi projekti algatamiseks inspiratsiooni Tartust. Läti projekti reguleeriv seadus on peaaegu identne Eesti omaga.
(The Chronicle of Higher Education), 25.04.03

HUGO aastakonverents tähistas inimese genoomi järjestamist
Inimese Genoomi Organisatsiooni (HUGO) aastakonverentsil Mehhikos (http://hgm2003.hgu.mrc.ac.uk/) tähistati inimese genoomi järjestuse valmimist. HUGO asutaja Victor McKusick ja NHGRI direktor Francis Collins meenutasid eelmise sajandi pöördelisi sündmusi ja inimese genoomi projekti käiku. Kui Collins palus loengu "Arutledes alguse lõpu üle" ajal enam kui 500 kuulaja seast püsti tõusta neil, kes olid andnud oma panuse inimese genoomi järjestamisse, siis tõusid vaid kuus inimest. McKusick'u vahendusel värskendati kuulajate mälu teadlase nimega, kes võttis esmakordselt kasutusele termini "genoom". See juhtus 1920ndal aastal, kui Saksa teadlane Winkler selgitas, et genoom on "täielik kromosoomide komplekt koos neis leiduvate geenidega." McKusick, kes alustas karjääri Johns Hopkinsi Ülikoolis ajal, mil esmakordselt kirjeldati kaksikheeliksi struktuuri, oli esimene, kes tegi 1969. aastal ettepaneku järjestada inimese genoom. Samuti oli McKusick 31 teadlase seas, kes asutasid 1998.a. septembris HUGO. 
(GenomeWeb), 29.04.03

Kana genoom järjestatakse aasta lõpuks
Kana esialgsest genoomijärjestusest, mis peaks valmima aasta lõpuks, loodavad kasu saada nii talupidajad kui ka tohtrid. Uppsala Ülikooli teadlane
Leif Andersson tutvustas projekti eesmärke Inimese Genoomi Organisatsiooni (HUGO) aastakohtumisel Mehhikos. Andersson usub, et kana genoomijärjestus võimaldab leida geenid, mis määravad lindude munemisoskust ja rasvasisaldust. Euroopa Bioinformaatika Instituudi teadlase Ewan Birney sõnul annab kindlasti huvitavaid leide ka kana genoomi kõrvutamine inimese omaga, sest inimesel ja kanal oli ühine eellane hinnanguliselt 300 miljoni aasta eest.
(Nature Science Update), 29.04.03

Järjestati antraksi bakteri genoom
Teadlased on järjestanud paljukardetud bakteri Bacillus anthracis genoomi. Antraksi bakteri Ames tüve täpne nukleotiidne järjestus võimaldab töötada välja vastumeetmed võimalike bioterrorirünnakute vastu. Genoomi Uurimise Instituudi (Tigr) uurimisrühm kirjeldab neli aastat kestnud projekti tulemusi ajakirjas Nature. Bakteri Ames tüve kasutati ka 2001.a. antraksi rünnakutes USA-s, mille tagajärjel kaotas elu viis inimest.
(BBC), 30.04.03

Euroopa Komisjon soovib näha T&A investeeringute kasvu
Euroopa Komisjon soovib julgustada liikmesriike enam investeerima teadustegevusse. Eesmärgiks on kasvatada investeeringud teadus- ja arendustegevusse seniselt 1.94 protsendilt SKPst 3 protsendini aastaks 2010. Kuigi komisjoni kava ei puuduta vaid eluteadusi, tõstis komisjon esile just genoomikat ja nanotehnoloogiat, kui kahte esilekerkivat valdkonda, mille areng saaks avaliku sektori toetustest uut hoogu.  
Komisjon teeb liikmesriikidele ettepaneku luua "Euroopa Tehnoloogia Platvormid," sidudes valitsuse kulutused strukturaalsete reformidega, mis edendaksid intellektuaalse omandi tõhusamat siiret valitsuse laboratooriumitest erasektorisse. Komisjon eeldab, et erasektori kanda jääb kaks kolmandikku seatud eesmärkide täitumiseks vajaminevast summast. Kuigi komisjoni kava näeb ette võimalusi ettevõtete konkurentsivõime parandamiseks, peavad kõik liikmesriigid iseseisvalt leidma ressursid ja viima ellu vajalikud regulatiivsed reformid. Euroopa Komisjoni ettepanekud olukorra parandamiseks: Communication "Investing in research - an action plan for Europe"
(EL), 30.04.03

Jaapani firma kasutab DNA-d allkirjade turvalisuse tagamisel
Jaapani firma soovib toota sulepäid, millega allkirjastatud leping või testament sisaldaks võltsimise vältimiseks isiku DNA informatsiooni. ID Technica plaanib uue DNA-tindiga kirjutusvahendi turule tuua suvel. Firma esindaja Koichi Haraguchi usub, et lisaks kuulsustele ja kunstnikele võiksid tootest huvitatud olla ka tavalised inimesed. Sulepeaga kaasas olev lugemisseade kasutab allkirja autentsuse kinnitamiseks infrapunakiiri. Tindi valmistamiseks sünteesitakse kliendilt eraldatud DNA-st sünteetilist DNA-d, mis segatakse valgust peegeldavate pigmentidega. Üks kilogramm tinti maksaks umbes kaks miljonit jeeni ehk 16 670 dollarit. Eelnevalt on DNA-informatsiooni kasutatud tindis, millega trükiti 2000.a. Sydney olümpiamängude piletid.
(AFP), 01.05.03

Farmakogeneetika ja genotüpiseerimine: SNP-de jahil
Teadusajakirjas Nature antakse ülevaade genotüpiseerimise hetkeseisust. Üks esimesi inimese genoomi järjestamise meditsiinilistest ja bioloogilistest väärtustest on SNP-de (üksiku nukleotiidi erinevuste) ehk geneetilise variatiivsuse uurimine ja rakendamine. SNP genotüpiseerimine võib avaldada, miks mõned inimesed on vastuvõtlikumad teatud haigustele nagu vähk või diabeet ja miks teised kannatavad ravimitest tulenevate kõrvalmõjude all. SNP genotüpiseerimise rakendused on paljulubavad nii ravimiarenduses, kliinilistes katsetes, biomeditsiinis, diagnostikas kui kohtumeditsiinis. Ootuste täitumiseks on vaja välja töötada senisest odavamad ja kiiremad meetodid indiviidide SNPde analüüsimiseks.
Keskmiselt on kahe inimese genoomijärjestuses üks nukleodiidi erinevus tuhande nukleotiidi kohta. Seega on igal inimesel umbes 3 miljonit SNPd. SNPde kuluefektiivseks rakendamiseks biomeditsiinis (rakendused diagnostikas ja ravis) tuleb uuritavate SNPde arvu oluliselt vähendada. Üheks oluliste SNPde väljasõelumise võimaluseks on SNPde võrdlemine haigetel ja tervetel inimestel. Juhul kui sobiv arv SNPid on välja valitud, on uuritaval inimesel vaja genotüpiseerida vaid väike osa SNPid. Seni määratud 4 miljonist SNPst, mis on avalikes andmebaasides, asuvad vaid 3% geenide piirkonnas.
Genotüpiseerimine on kasvav turg - kulutused SNPdega seotud teadusele aastas kasvavad hinnanguliselt 2001.a. 158 miljonilt dollarilt 1.2 miljardi dollarini aastaks 2005. Turumahuga paralleelselt areneb ka tehnoloogia jõudlus. Firma Applied Biosystems süsteem suudab töödelda 1000 proovi 250 SNP lõikes ehk 250 000 genotüüpi päevas. Samuti on firmal kontrollitud enam kui 120 000 geenide läheduses paiknevat SNPd, mida on võimalik kasutada assotsiatsiooniuuringutes. Firma Perlegen järjestas 50 erinevat haploid genoomi, mida võrreldes eristati 1.7 miljonit SNPd. Nüüdseks on töötatud välja kiibid nende genotüpiseerimiseks. Perlegeni platvormi kasutades maksaks 1000 inimesel nende SNPde genotüpiseerimine 2 miljonit dollarit. Sektoris tegutsevate firmade nimekirjas on nimetatud ka Eesti firma Asper Biotech.  Vaata lisaks - The SNP Consortium http://snp.cshl.org; HapMap http://hapmap.cshl.org
(Nature) 422, 917 - 923 (2003); doi:10.1038/422917a

Euroopas on GMOde uurimine järsult vähenenud
Euroopa Komisjoni uurimuse kohaselt on geneetiliselt muundatud (GM) taimede katsetuste arv 1998 aastaga võrreldes vähenenud 87% võrra. Viimane luba GM taimede kasutamiseks väljastati 1998. a. oktoobris ning alates 1999.a. on kehtinud formaalne moratooriumi uutele GM toodetele. Kui 1998.a. alustati 254 välikatsetusega, siis 2002.a. laekus vaid 33 taotlust. Samal ajal on USAs igal aastal keskmiselt 900 kuni 1100 välitesti. Hetkel on Euroopas lubatud kasutada 14 GM vilja ning 19 taotlust on otsustamisjärgus. 
(Nature Biotechnology), Mai 2003 - Vol 21, Nr 5, lk 468 - 469.

Avaldati SARS viiruse genoomi järjestus
Kanada, Ameerika ja Hiina teadaste rühmad avaldasid SARSi põhjustava viiruse genoomi järjestuse. Kanada ja Ameerika teadlased avaldasid oma uurimuse ajakirjas Science ning Pekingi teadlased ilmutasid artikli kohalikus ajakirjas Chinese Science Bulletin. Ameerika töörühmad järjestasid viiruse erinevad tüved. Genoomide järjestused on sarnased, kuid erinevad pikkuse poolest. Mõlemad töörühmad avastasid mitmeid kahtlusaluseid geene, neist neli kodeerivad valke, mis võimaldavad viirusel siseneda peremeesrakkudesse ja seal paljuneda. Hiina teadlasid identifitseerisid kuus eeldatavalt valke kodeerivat järjestuse lõiku. Kuigi SARS viiruse struktuur on sarnane teiste teadaolevate koronoviirustega, esineb eeldatavalt erinevusi üksikute valkude aminohapete järjestustes. SARS viiruse genoomis on 29 727 nukleotiidi. Esialgne analüüs on näidanud, et käesoleva aasta märtsis avastatud SARS viirus pole sarnane eelnevalt kirjeldatud koronoviirustega. Samuti arvatakse, et viirus suudab kiiresti muteeruda. Ajakiri Science koondas SARSi teemalised artiklid ning võimaldab nendega tutvuda aadressil http://www.sciencemag.org/feature/data/sars/.  
(GenomeWeb), 02.05.03 
(ScienceNow), 01.05.03

Gates'i fond eraldas raha genoomikale
Heategevuslik Bill ja Melinda Gates Fond eraldas Washingtoni Ülikoolile (Seattle) geneetika alase uurimistegevuse arendamiseks 70 miljoni dollarilise toetuse. Enamus rahaeraldusest ehk 60 miljonit dollarit kulub 150 miljoni dollarilise genoomiteaduste hoone rajamiseks. Järelejäänud 10 miljonit kulutatakse arengumaades levivate haiguste genoomikaprojektide toetamiseks. Uue õpehoone valmimisel kaasatakse täiendavalt 14 õppejõudu ja 400 kraadiõppurit. 
(Science), 02.05.03 

Austraalia paigutab biotehnoloogia tööstusse 6 miljonit
Lõuna-Austraalia kavatseb investeerida biotehnoloogia sektori arendamisse ja biomeditsiini ettevõtete meelitamiseks Adelaide'i piirkonda 6 miljonit dollarit. Rahapaigutuse tulemusena peaks aastaks 2010 tekkima 50 uut ettevõtet ja 2500 töökohta. Projekti raames ostetakse maad ja luuakse vajalikud infrastruktuurid. 
(The Courier-Mail), 02.05.03

====================================
Tagasiside:
tel: 07 440428; 056 469494
email:  
arhiiv: nädalaülevaated

Sihtasutus Geenikeskus:
Riia 23b, Tartu, 51010
tel: 07 375030
email:
veeb: genomics.ee 

© 2003, SA Geenikeskus • Esitatud materjale võib reprodutseerida viidates autorile.