SA Eesti Geenikeskus - genomics.ee
 

BioSPINNO projekt suurendab teadmiste siiret Eesti teadus- ja arendusasutustest ettevõtlusesse biotehnoloogia valdkonnas
Eesti Biokeskus ja Ettevõtluse Arendamise Sihtasutus (EAS) sõlmisid 18. märtsil Spinno programmi raames BioSPINNO lepingu mahuga 6,3 miljonit krooni. BioSPINNO projekti laiem eesmärk on suurenenud teadmiste siire Eesti teadus- ja arendusasutustest ettevõtlusesse biotehnoloogia valdkonnas. Püstitatud eesmärgi täitmine loob aluse Eesti riigi poolt püstitatud teadus- ja arendustegevusstrateegia “Teadmistepõhine Eesti” rakendamiseks. Samaaegselt tugevdab projekt Eesti biotehnoloogia sektori konkurentsivõimet rahvusvahelisel turul, võimaldades edukat koostööd Eesti ja välismaiste teadus- ja arendusasutuste ning ettevõtete vahel. <loe lähemalt>

 

 

Biotehnoloogia rahvusvahelises meedias 2003 - 13. nädal (24.03-30.03)

====================================
Sisukord:
Uus meetod geenimutatsioonide uurimiseks
Geenimutatsiooni seostatakse tasakaaluhäiretega
APOE genotüüp on perifeerse diabeedilise neuropaatia riskifaktoriks
Hiina soovib arendada naftatöötlust parandavaid mikroobe
Punapeadest naistel aitab geen võidelda valuga 
Arenguhäiret seostatakse ühe geeniga
Briti parlamendikomisjon kritiseerib teadusrahade jagamist ja projekti BioBank eelistamist
Võimalikud lähenemised Alzheimeri vastu
Avastati uus rinnavähigeen
Icaptur4e Konsortsium ja IBM töötavad välja infosüsteemi
Euroopa Parlamendi komisjon toetab kloonimise ja tüvirakkude uurimise keelustamist
Heeliksitrepist üles ronides
Järjestati kahe bakteri genoomid
NHGRI direktor tutvustas genoomika loodud vundamendile rajatavat hoonet
====================================

Uus meetod geenimutatsioonide uurimiseks
Euroopa teadlased on hiljuti välja töötanud uue meetodi geenimutatsioonide uurimiseks. Uus hiiremudel võib hõlbustada inimestel esineva leukeemia vastase ravi leidmist. Euroopa molekulaarbioloogia labori (EMBL) ja Dresdeni Tehnikaülikooli teadlasteed keskendusid uuringutes leukeemiat põhjustavale geenile (MII). Soovides uurida geeni võimalikke mutatsioone konstrueerisid teadlased
Giussepe Testa juhtimisel bakteri baasil rekombinatsiooni tehnoloogiat kasutades mudeli, mis sisaldab kahte geeni MII leukeemiaga seostatavat mutatsiooni. Seejärel asendati kunstlikult loodud geen hiire organismis leiduvaga. Spetsiaalsete lülititega on võimalik mutatsioonid teineteisest sõltumatult aktiviseerida või maha suruda. See võimaldab uurida nende mõju fenotüübile eraldi või koos. Tesla kinnituste kohaselt muutub sarnaste hiiremudelite loomine üha vajalikumaks, sest see võimaldab uurida inimorganismi vastuvõtlikkust haigustele või reaktsiooni ravimitele.
(Cordis), 24.03.03

Geenimutatsiooni seostatakse tasakaaluhäiretega
Teadlased on avastanud geeni, mis mõjutab tasakaalu tunnetust. Washingtoni Ülikooli uurimisrühma poolt hiirtel läbiviidud uurimus näitas, et eelnevalt identifitseerimata geen osaleb tasakaalu säilitamise mehhanismis. Uurimust juhtinud molekulaarbioloogia ja farmakoloogia professor David M. Ornitz selgitas, et "tasakaaluhäired on kõrges eas tõsiseks probleemiks, sest võivad põhjustada kukkumiste näol tõsiseid vigastusi."
Ajakirjas Human Molecular Genetics avaldatud uurimuses üritati tasakaaluprobleemidega hiiremudelite (tlt ja mlh) abil uurida tasakaaluhäirete geneetilisi põhjuseid. Eelnevalt on teada, et organism säilitab liikumisel tasakaalu sisekõrvas paikneva keeruka mehhanismi abil. Eelnevad uurimused on näidanud, et protsessis osalevaid osakesi (otoconia) toodab organism vaid arengustaadiumis ning need eluaja jooksul progresseeruvalt degradeeruvad. Siiani polnud teada, kuidas osakesed kujunevad ning kas on võimalik stimuleerida nende taastootmist või regeneratsiooni. Vaatlusalustel hiirtel ülalnimetatud osakesed, mis tagavad tasakaalu tunnetuse, puudusid. Uurimistulemused näitasid, et mõlemal hiiremudelil on ühes ja samas geenis mutatsioon, millele teadlased panid nimeks Otopetrin 1 ehk Otop1 ("oto" tähendab kõrva ja "petra" kivi). Teadlased usuvad, et probleemi võib olla võimalik lahendada, kui avastatud geen aktiviseerida.
(EurekAlert), 24.03.03

APOE genotüüp on perifeerse diabeedilise neuropaatia riskifaktoriks
Duke Ülikooli uurimisrühm leiab ajakirjas Neurology, et APOE genotüüp on riskifaktoriks perifeerse diabeedilise neuropaatia (DPN) tekkes. APOE 3/4 ja 4/4 genotüüpidega patsientidel tuvastati standardsel testil (Neuropathy Impairment Score in the Lower Limbs (NISLL)) võrreldes teiste genotüüpidega patsientidega kolme punkti võrra kõrgem tulemus. Uurimust juhtinud dr Richard S. Bedlack usub, et ühe lahendusena oleks võimalik välja töötada biomarkerid, mille olemasolu oleks võimalik kontrollida diabeedi avastamise järel. See on oluline, sest DPN-i, mis tekib pooltel diabeetikutest patsientidel, teket on võimalik kontrollida, kui jälgida rangelt veresuhkru taset.  
(EurekAlert), 24.03.03

Hiina soovib arendada naftatöötlust parandavaid mikroobe
Hiina Teadus- ja Tehnoloogiaministeerium käivitas programmi mikroobide genoomika uurimiseks. Projekti eesmärgiks on arendada nafta eraldamises kasutatavate mikroorganismide kvaliteeti.
Ministeeriumi esindaja sõnul võiks Hiina projekti õnnestumise korral suurendada maardlatest saadava nafta hulka kuue kuni kümne protsendi võrra. Projekti lõppemine on planeeritud vahemikku 2005 kuni 2010. Tänaseks on projekti raames töötavad teadlased alustanud kahe mikroobi genoomi järjestamisega. Mikroobidel on võime metaboliseerida naftas leiduvaid soovimatuid komponente ja kõrvalprodukte, samal ajal tootes gaasi, mis hõlbustaks nafta maapõuest kättesaamist. Teate kohaselt importis Hiina möödunud aastal 69.4 miljonit tonni toornaftat.
(GenomeWeb), 24.03.03

Punapeadest naistel aitab geen võidelda valuga 
Punapeadel ja õrna nahaga inimestel leiduv geenivariant võib olla seotud organismi loomuliku valgu vaigistava võimega. Siiski näitavad uurimistulemused, et geen Mc1r näib mõjutavat valu vaigistamise protsessi vaid naistel. Ajakirjas Proceedings of the National Academy of Sciences (2003;10.1073/pnas.0730053100) avaldatud uurimuses näidatakse, et punapeadest naised suudavad taluda teistest suuremat valu.
Uurimust juhtinud McGilli Ülikooli professor Jeffrey S. Mogil selgitas, et meestel ja naistel on erinevad valu kogemise kanalid. Mogil usub, et lõppkokkuvõttes võimaldab uurimus ehk aidata arstidel määrata patsiendile sobivam valuvaigisti. Ta lisas, et sooliste erinevuste kõrval mõjutavad ravimi efektiivsust ka geneetilised erinevused. Hiirtel läbiviidud katsed näitasid, et organismi vastupanu valule mõjutab geen Mc1r.
(Reuters Health), 24.03.03

Arenguhäiret seostatakse ühe geeniga
Michigani Riikliku Ülikooli teadlased teatavad ajakirjas Nature Genetics Smith-Magenis sündroomi (SMS) nimelist arenguhäiret põhjustava geeni avastamisest. Teadlased usuvad, et avastuse alusel on võimalik leida uusi ravivõimalusi ja lahendusi häirega kaasnevatele probleemidele. SMS põhjustab erinevas raskusastmes vaimset alaarengut, pea ja näo deformeerumist, magamishäireid jm. Eelnevalt on arvatud, et häiret põhjustab mitme geeni koosmõju. Seevastu leidsid teadlased, et mutatsioon geenis nimega RAI1 (retionic acid induced) muudab geeni valguprodukti selliselt, et see kutsub esile häire. Sündroomi põdevatel inimestel on reeglina ühes kromosoomis normaalselt funktsioneeriv ja teises muundunud valguprodukti tootev geenivariant. Kuigi häire ärahoidmine võib osutuda võimatuks, usuvad teadlased, et haiguse varajase diagnoosimise korral on võimalik seda efektiivsemalt ravida. 
(HealthScoutNews), 25.03.03

Briti parlamendikomisjon kritiseerib teadusrahade jagamist ja projekti BioBank eelistamist
Briti Meditsiini Uurimise Nõukogu (MRC) sai Briti parlamendi alamkoja teadus- ja tehnoloogiakomisjoni aruandes terava kriitika osaliseks. Aruandes kritiseeriti MRC toetuste jagamise protsessi, väidetavaid rikkumisi finantsjuhtimise vallas ja populatsioonigenoomika projekti
BioBank ohjamise osas. Viimast nimetatakse komisjoni aruandes "poliitilistel kaalutlustel käivitatud projektiks," mida otsustati finantseerida enne selle teadusliku väärtuse ja metodoloogia küsimuste piisavat arutamist. 
Aruande järgi on MRC juhtinud finantsvahendeid viisil, mis pole taganud toetuste stabiilsust ja on seega avaldanud negatiivset mõju teadlaskonnale. Aruandes rõhutatakse, et MRC näib olevat olnud arvestanud eelseisvates perioodides vahendite juurdekasvuga, mida ei olnud ega ole reaalne loota. MRC poolt aruandele koostatud vastulauses ollakse "sügavalt pettunud" ning ei nõustuta komisjoni planeerimisprotsessi kriitikaga.
MRC on enam kui 400 miljoni naelase eelarvega Suurbritannia suurim avaliku sektori poolt biomeditsiini rahastav asutus. Kuigi MRC eelarve on alates 1997.a. kasvanud 29% on sama ajal toetuste arv vähenenud 1500-lt (96-97) 250-ni (00-01). MRC on selgitanud toetusraha vähenemist Mary Lyon Keskuse (transgeensete loomade uurimiskeskus) loomise kuludega. Kuid möödunud aasta detsembris selgitati aruande kohaselt toetusteks mõeldud vahendite nappust keskendumisega projektile BioBank ja rahvusvaheliste kohustustega.
Parlamendikomisjoni aruandes leitakse, et projekti BioBank põhimõtteid pole piisavalt üldsusega arutatud. Samuti heidetakse ette võimetust seletada osalejatele pakutavat nõusolekut ja hoiatada, neid, et kogutud informatsiooni võib hakata kasutama politsei. Lisaks tõstatati andmete ning proovide kogumise ja säilitamise turvalisuse küsimusi.
MRC avalduses eitatakse projekti politiseerimist. MRC meenutab, et mitmeid aastaid kritiseeriti molekulaarbioloogia alase teaduse finantseerimist, sest inimesed kahtlesid selle seotuses tervisega. Samas on inimese genoomi järjestamine tõestanud selle investeeringu vajadust. Hetkel tõstatab sarnaseid küsitavusi Briti biopanga projekt. Vaata aruannet. 
(GenomeWeb), 25.03.03
(Guardian), 25.03.03

Võimalikud lähenemised Alzheimeri vastu
Teadlased loodavad, võidelda Alzheimeri tõve vastu geeniteraapiaga. Eesmärgiks on rünnata beeta-amüloid valku, mis põhjustab ohtlikke moodustisi Alzheimerit põdevate patsientide ajus. Uurimise käigus on leitud teatud tüüpi ajurakud, mis suudavad nimetatud laikude kogumike teket takistada. 
Ühes uurimuses õnnestus teatud ensüümi (neprilysin) kasutades geeniteraapia abil vähendada kõnealuse beeta-amüloid valgu aktiivsust poole võrra. Salk Instituudi, San Diego Kolledži Ülikooli ja Kentucky Ülikooli teadlaste läbiviidud uurimus avaldati ajakirjas Neuroscience.
 
Teises uurimuses, mis avaldati ajakirjas Nature Medicine, kirjeldatakse teatud tüüpi ajuraku (astrotsüüt) võimet rünnata beeta-amüloid valkude tekitatud moodustisi. Columbia Ülikooli teadlaste sõnul avab avastus uued uurimisvõimalused, sest hiirtel läbiviidud katsed näitasid, et soovimatute kogumike hulk vähenes astrotsüütrakkude läheduses 40% võrra. Teadlased arvavad, et defektid astrotsüütrakkudes võivad takistada neil rünnata beeta-amüloid valkude tekitatud moodustisi.
(BBC), 26.03.03

Avastati uus rinnavähigeen
Cold Spring Harbor Laboratooriumi ja firma Tularik teadlased on avastanud geeni KCNK9, mis on ebatavaliselt kõrge aktiivsusega pooltes vaadeldud rinnavähivormides. Samuti on nimetatud geen liiga aktiivne enam kui kolmandikes kopsuvähivormides. Ajakirjas Cancer Cell kirjeldatud uurimuses peetakse geeni avastamist oluliseks, sest KCNK9: seletab eelnevalt tundmata onkogeeni mehhanismi (kaaliumikanal); on atraktiivne kandidaat uudsete vähivastaste teraapiate arendamisel; eksperimentaalne ületootmine soodustab kasvajate moodustumist. Samuti on leid oluline kuna uurimuses keskenduti sporaadilistele ehk mittepärilikele rinnavähivormidele, mis moodustavad 90% kõigist rinnavähijuhtumitest. 
(EurekAlert), 26.03.03

Icaptur4e Konsortsium ja IBM töötavad välja infosüsteemi
Kanada teadlased ja IBM teatasid kavatsusest luua infosüsteem, mis võimaldaks uurida kardiovaskulaarsete- ja hingamisteede haiguste geneetilisi aspekte. Püha Pauli Haigla, Vancouveri Haigla ja Tervishoiuteaduste Keskuse ning British Columbia Ülikooli moodustatud konsortsium iCaptur4e Uurimiskeskus alustab koostööd firmaga IBM, et luua infotehnoloogiline iQ Engine nimeline platvorm. Kava kohaselt saab olema võimalik seostada patsientide geneetilist informatsiooni kardiovaskulaarsete- ja hingamisteede haiguste ning mitmesuguste keskkonnamõjudega sh kultuurilise ja sotsiaalmajandusliku päritolu, allergeenide ja reostusega. Süsteemi kasutatakse kliinilise ja geneetilise informatsiooni analüüsimiseks.
(GenomeWeb), 26.03.03

Euroopa Parlamendi komisjon toetab kloonimise ja tüvirakkude uurimise keelustamist
Euroopa Parlamendi Keskkonna- ja Tervishoiukomisjon otsustas 25. märtsil toetada inimese rakkude ja kudede kasutamist teaduses reguleeriva direktiivi arutelul kloonimise ja tüvirakkude uurimise täielikku keelustamist. Kuigi hetkel Euroopa Komisjoni poolt ettevalmistamisel olev direktiiv inimese kloonimist ja tüvirakkude uurimist ei käsitle, toetab parlamendikomisjon mõlema tegevuse keelustamist. Lõplikku otsust tüvirakkude uurimise finantseerimise osas ei tehta enne 2003.a. detsembrit. Eelnevalt soovib Euroopa Komisjon avaldada aruande embrüonaalsete tüvirakkude uurimisest ja korraldada selles küsimuses bioeetika arutelu.
(Betterhumans), 27.03.03

Heeliksitrepist üles ronides
Ajakiri Economist koostas mitmest artiklist koosneva ülevaate biotehnoloogia hetkeseisust. James Watsoni and Francis Cricki kaksikheeliksi struktuuri avastamise 50ndast aastapäevast ajendatud ülevaates nenditakse, et biotehnoloogia on jaganud palju lubadusi: paremad ravimid, indiviidile kohandatud ravi, paremad viljad, efektiivsem tööstus. Kuid vähesed neist on tänaseks realiseerunud. Mõned ei realiseeru ilmselt kunagi ning mõned saavad liigse vastuseisu osaliseks. Valdkonna arengut vaadeldakse sajandite eest Francis Baconi sõnastatud idee "teadmine on võim" võtmes. Baconi rõhutatud teaduslike teadmiste rakendamine praktikas tagas tööstusrevolutsiooni toodud rikkuse. Poole sajandi eest alanud avastuste jada on hakatud rakendama äris. Biotehnoloogia meelitab, kuid on endiselt arengustaadiumis.
Teaduse viimase sõna rakendamine äris on suurte riskidega äri. Ebaõnnestumised on olnud sagedasemad kui õnnestumised. Ärimeestest-teadlastest ettevõtjad näivad olevat motiveeritud paljudest erinevatest faktoritest ning mitte ainult soovist raha teha. Kuna olemasoleval hetkel pole uute projektide käivitamiseks ringluses piisavalt kapitali, siis kahtlevad juhtivad skeptikud, kas valdkonnal on üldse tulevikku. Siinkohal ei tohiks aga Economisti hinnangul segamini ajada lühiajalisi probleeme pikaajalise potentsiaaliga. Economist on seadnud eesmärgiks tutvustada mõlemaid, kuid siiski keskendutakse pigem potentsiaalile kui probleemidele. Kõige olulisem küsimus, millele otsitakse vastust on: kas biotehnoloogia jääb niššiäriks või kujuneb sama laiahaardeliseks kui keemiatööstus tänapäeval? 
Keemiateadus oli 1870ndatel aastatel tänapäeva bioloogiaga võrreldavas situatsioonis. Hiljuti oli saadud paika teoreetiline raamistik perioodilisuse tabeli näol, mis pole vastanud kõigile küsimustele, kuid on vähemalt pakkunud välja küsimusi, mida on sobilik küsida. Bioloogia vasteks on genoomika, sest genoom on vabalt tõlgendades isiklik võimaluste perioodilisuse tabel. Keemiatööstus oli 1870ndatel sarnases situatsioonis nagu biotehnoloogia täna. Keemikud rakendasid uut süsteemset teadmist piiratud ulatusega rakendustes nagu värv- või lõhkeaine. Olemasolev biotehnoloogia haare on samuti piiratud. Ometi on praegusel ajastul raske leida midagi, millega keemia pole eelnevalt kokku puutunud. Kas saame sajakonna aasta pärast sama öelda biotehnoloogia kohta?
(Economist), 27.03.03

Järjestati kahe bakteri genoomid
Kaks teadlaste gruppi on järjestanud kahe inimese soolestikus elutseva bakteri genoomid. Mõlemat bakterit - Enterococcus faecalis ja Bacteroides thetaiotaomicron - tutvustavad artiklid avaldati ajakirjas Science. Genoomi Uurimise Instituudi (TIGR) teadlased järjestasid bakteri E. faecalis tüve V583 genoomi. Enam kui neljandiku bakteri genoomist moodustab liikuv ehk mitteomane DNA, mis seletab bakteri kiiret resistentsust paljudele ravimitele. Bakter E. faecalis on peamine kuseteede põletike, endokardiidi ja mitmete teiste haiguste põhjustaja. Teise bakteri B. thetaiotaomicron genoomi järjestasid Washingtoni Ülikooli teadlased. 
(GenomeWeb), 28.03.03

NHGRI direktor tutvustas genoomika loodud vundamendile rajatavat hoonet
USA Riikliku Inimese Genoomi Uurimise Instituudi (NHGRI) direktor Francis Collins teatas Bio-IT World konverentsil Bostonis, et järgneva paari kuu jooksul jõuab finišisse Inimese Genoomi Projekt. Samas tunnistas Collins, et tõsine töö alles algab. Peaesinejana kõnelenud Collins kirjeldas organisatsiooni tulevikuvisiooni pärast Inimese Genoomi Projekti esialgsete eesmärkide saavutamist 2003.a. aprillis. Collins nentis, et algselt loodeti pärast inimese genoomiga ühele poole saamist alustada tegevust mingis muus valdkonnas, kuid hetkel näeb NHGRI Inimese Genoomi Projekti (IGP) kui peamist väljakutset, mille kallal tuleb lähiaastatel tõsiselt pead murda.
Collins näeb instituudi tulevikku kolmekorruselise hoonena, mis toetub IGP vundamendile. Esimese korruse märksõnadeks on "genoomika ja bioloogia" (baasuuringud), teise "genoomika ja tervis" (rakendused meditsiinis) ja kolmanda "genoomika ja ühiskond" (mitte meditsiinilised rakendused ja eetilised ning sotsiaalsed aspektid). Nendes kolmes suunas asuvad instituudi järgnevate aastate eesmärgid. Lisaks läbivad hoonet kuus vertikaalset tugisammast, mis läbivad kõiki korruseid. Need sambad on arvutuslik bioloogia, ELSI (eetilised, juriidilised ja sotsiaalsed küsimused), haridus, õpe, tehniline areng, ressursid.
Suurte väljakutsetena "genoomika ja bioloogia" vallas nimetas Collins inimese variatsioonide struktuuri määramist, täiendavate genoomide järjestamist, ühe genoomi järjestamise kulu vähendamist 1000 dollarini, genoomi funktsionaalsete elementide määramist, kõigi rakus leiduvate valkude ja nende funktsioonide kaardistamine ning arvutusliku rakumudeli loomine. Valdkonnas "genoomika ja tervis" on eesmärgid laiemad ja sisaldavad näiteks haiguste geneetiliste ja keskkonnamõjude määramise strateegia koostamist, haiguste varajase avastamise võimaluste arendamist, genoomika rakendamist arengumaade elanike tervise parandamiseks. Collins kutsus üles looma suurt - vähemalt poolt miljonit USA elanikku hõlmavat - andmekogu genotüübi ja fenotüübi vaheliste seoste uurimiseks. Collinsi arvates oleks ettevõtmine teadlastele väga kasulik. Projekti mudelina nimetas ta alustatud populatsioonigenoomika projekte Suurbritannias, Eestis ja Islandil. Valdkond "genoomika ja ühiskond" võib Collinsi hinnangul kujuneda kõige raskemaks. Eesmärkideks on näiteks geneetilise informatsiooni salastatuse ja diskrimineerimise eest kaitsmise tõhustamine, sobivate patenteerimis- ja litsentseerimispoliitikate kujundamine genoomika vallas, genoomika, rassi ja etnilisuse vaheliste seoste selgitamine.
(GenomeWeb), 28.03.03

====================================
Tagasiside:
tel: 07 440428; 056 469494
email:  
arhiiv: nädalaülevaated

Sihtasutus Geenikeskus:
Riia 23b, Tartu, 51010
tel: 07 375030
email:
veeb: genomics.ee 

© 2003, SA Geenikeskus • Esitatud materjale võib reprodutseerida viidates autorile.