SA Eesti Geenikeskus - genomics.ee
 

Biotehnoloogia rahvusvahelises meedias 2003 - 4. nädal (20.01-26.01)

====================================
Sisukord:
Geenidefekti seostatakse Alzheimeri tõvega
Avastati uus rinnavähiga seotud geenivariant
Avastati migreeni põhjustav geenivariant
Farmakogeneetika alane koostöö
Probiootilised bakterid toiduainetes
Kunstlik bakter võib ära hoida amputeerimise
Laboris kasvatatud rakud pärsivad soovimatut immuunreaktsiooni 
Avastati rahutust ja agressiivsust mõjutav geen
deCode ja IBM sõlmisid strateegilise koostööleppe
Jaapan soovib elavdada genoomi alaseid uuringuid
Genoomi järjestajad ja bioinformaatikud silusid lahkarvamusi
====================================

Geenidefekti seostatakse Alzheimeri tõvega
Shveitsi teadlased teatasid, et on avastanud järjekorras teise geenidefekti, mis suurendab Alzheimeri tõve tekkimise riski. Geen CYP46 toodab valku, mis aitab ajus töödelda ja lagundada üleliigset kolesterooli. Liiga kõrge kolesterooli tase arvatakse olevat seotud beetaamüloid valkude tekkega, mis põhjustavad ajus ummistusi. Muteerunud geenide APOE4 ja CYP46 korral on Alzheimeri tekkimise tõenäosus tavalisest 10 korda suurem.
Uurimuse autor Andreas Papassotiropoulos viitab võimalikule kolesterooli ja aju amüloidide tekkimise vahelistele seostele. Ajakirjas Archives of Neurology avaldatud uurimuses vaadeldi sadu nii elavaid kui ka juba surnud patsiente.
Alzheimeri tõbe põeb umbes 4 miljonit ameeriklast. Haigus pärsib mälu, mõtlemisvõimet ja kõnelemist. Haigusrisk suureneb pärast 60ndat eluaastat. 65 kuni 74 aastastel meestel ja naistel esineb Alzheimeri tõbi kolmel protsendil. Üle 85-aastastest põevad tõbe juba ligi pooled. Kuigi haiguse täpne põhjus pole teada, näitavad patsientide aju-uuringud ebanormaalseid klompe ja puntras kiude ning suurenenud beetaamüloidide taset. Osa teadlastest arvavad, et beetaamüloidide akumulatsioon võib segada ajurakkude vahelisi elektrilisi ühendusi ning põhjustada rakkude surma.
Second Gene Linked Alzheimer's Risk - Swiss Study (Reuters), 20.01.03

Avastati uus rinnavähiga seotud geenivariant
Teadlaste teatel võib äsja avastatud geen ning selle kodeeritav valk avardada võimalusi võitluses rinnavähiga. Kõnealune valk esineb vaid rinnavähi ja süljenäärmete rakkudes, mistõttu on see võimalikuks ravi ja diagnostiliste testide märklauaks. Ajakirjas Proceedings of the National Academy of Sciences (2003;10.1073/pnas.0337425100) avaldatud uurimuses on valgu nimi BASE tuletatud inglisekeelsetest sõnadest breast cancer ja salivary gland expression.
Uurimuse autor Dr. Ira Pastan selgitas, et uurimuse eesmärgiks oli leida rinnavähi raviks ravimikandidaate. Geen ning selle toodetav valk avastati mahuka uurimuse käigus, kus vaadeldi rinnavähi tuumorite DNA-d. Esiteks loodi andmebaas erinevate vähivormide rakuliinidest pärineva enam kui 15 000 geeni kohta. Seejärel praagiti välja geenid, mis olid aktiivsed elutähtsates kudedes nagu ajus, maksas, kopsudes, neerudes. Alles jäänud 3000-4000 geenist valiti välja enam kordi esinenud geenid, mille seas on ka geen BASE. Täpsemate uuringute tulemusena esineb BASE 30 kuni 40 protsendil rinnavähi juhtudest. Terves rinnas on nimetatud valku väga väikses koguses või see puudub üldse. Järgnevalt on teadlased seadnud eesmärgiks uue informatsiooni baasil rinnavähitesti väljatöötamise.
New Breast Cancer Gene Discovered (Reuters Health), 20.01.03

Avastati migreeni põhjustav geenivariant
Kaks Itaalia teadlast on avastanud geeni, mida võib seostada mitmete migreeni vormidega. Teadlaste sõnul võivad avastusest kasu saada nii migreeni kui ka tavalise peavalu all kannatajad. Milano San Raffaele Instituudi geneetik Giorgio Casari ja neuroloog Roberto Marconi avastus põhineb neli aastat kestnud uurimusel, mille käigus vaadeldi sagedasti migreeni all kannatava perekonna kuue generatsiooni geeniandmeid. Ajakirjas Nature Genetics avaldatud uurimuse tulemusena avastati uus migreeniga seotud geenivariant.
Geenivariant paikneb 1. kromosoomis, mis on tänaseks üks põhjalikumalt uuritud inimese kromosoome. Teadlaste hinnangul ei suuda avastatud geeni ATP1A2 variant tagada rakus korrapärast naatriumi ja kaaliumi transporti. Casari usub, et nii põhjalikult uuritud genoomi osas ei tohiks defekti korrigeerimiseks vajaliku ravimeetodi leidmine kujuneda ületamatuks ülesandeks.
Casari selgituste kohaselt on olemasolevad peavalu leevendavad tabletid suunatud valu pärssimisele, kuid ei mõjuta selle põhjust. Ravimi mõju optimeerimisel eelpool nimetatud ainete transpordi tagamiseks oleks võimalik aga valu põhjustaja neutraliseerida. Marconi lisas, et nõrgemate peavalude põhjustajaks võib olla sarnane, kuid olemuselt süütum geenivariant. Järgnevaks uurimuse faasiks, kus kontrollitakse avastuse paikapidavust nõrgemate peavalude suhtes, on registreerunud juba sajad patsiendid.
Scientists discover migraine gene (Reuters), 21.01.03

Farmakogeneetika alane koostöö
Firmad Genaissance Pharmaceuticals ja Bayer Diagnostics teatasid farmakogenoomika alasest koostööst. Eesmärgiks on ravimite ohutuse ja efektiivsuse farmakogeneetiliste markerite avastamine. Tehingu raames kasutatakse Bayer diagnostika allüksuse kogutud kliinilisi proove, mida uuritakse Genaissance'i HAP tehnoloogia abil. Kokkulepitud eesmärkide saavutamisel teeb Bayer koostööpartnerile verstapostimakseid (milestone  payment) ja annab õiguse kasutada firmas välja töötatud ning turustatud diagnostika teste. Vaata lisaks pressiteadet.
Genaissance, Bayer Partner in Search for Genomic Markers (GenomeWeb), 21.01.03

Probiootilised bakterid toiduainetes
Euroopa Liit finantseerib projekti, mis uurib probiootiliste bakterite kasulikkust ning püüab tagada nende bakterite säilimise tootmisprotsessi, hoiutingimuste ja inimkeha happelise keskkonna tingimustes. Probiootiliste bakterite kasulikkus seisneb selles, et nad tagavad bakteriaalse tasakaalu inimese seedetraktis, hõlbustavad seedimist ning vajalike toitainete imendumist. 
Projekt, mida finantseeritakse 5. raamprogrammi “Elukvaliteedi” programmi alt, kannab nime PROTECH. Projekti alapealkirjaks on: "Hoida häid baktereid elusana ja tervena nii, et nemad saaksid hoida tervena sind." Projekti eesmärk on tagada probiootiliste bakterite maksimaalne elujõulisus, mis võimaldaks kasutada baktereid mitmesugustes toiduainetes nagu nt hommikustes teraviljatoodetes ja müslitahvlites. Projektiga on ühinenud 6 ELi liikmesriiki ja Shveits, projekti kogumaksumuseks on 3.01 miljonit eurot. 
Projekti käigus uuritakse mitmesuguseid probiootiliste bakterite elujõulisust ja stabiilsust mõjutavaid tegureid. Ühe näidistootena kasutatakse jogurtit. Üheks mõjufaktoriks on jogurti happelisus. Projekti raames läbiviidud katsed on kinnitanud, et bakterite elujõulisus paraneb, kui jogurti happelisust suurendada. 
Samuti mõjutavad probiootiliste bakterite säilimist toote hoiutemperatuur ja -aeg. Teadlaste arvates peab hoiutemperatuur jääma neljanädalase säilitusaja juures 4 plusskraadi juurde. Hoides aga jogurtit toatemperatuuril, kasulikud bakterid hävinevad. Seega on hädavajalik tagada tootele (nt probiootilisi baktereid sisaldavale jogurtile) jahedad hoiutingimused. Siis võib olla kindel, et kasulikud ained jäävad tootesse alles. 
Vaata lisaks: http://www.vtt.fi/virtual/proeuhealth/index.htm 
The PROTECH project - Keeping probiotic bacteria alive in food products (Cordis), 21.01.03

Kunstlik bakter võib ära hoida amputeerimise
Teadlased on loonud kunstliku bakteri, mis võimaldab geeniteraapia abil kiirendada näiteks mädaneva haava tõttu amputatsiooni nõudva jala paranemist. Sünteetiline bakter suudab tungida normaalsetesse rakkudesse, mis seejärel soodustavad veresoonte teket piirkondades, kus see mingi haiguse tulemusena on pärsitud. Täiendava verevarustuse abil kulgeb haava paranemine kiiremini.
Uurimust juhtinud Dr. Anthony Comerota sõnul pole esialgsetel katsetel 51 patsiendiga tuvastatud ohtlike kõrvalefekte. Vaid mõni patsient kurtis hellust kohas, kus bakter (mitte viiruslik fibroblasti kasvufaktor) aeglaselt paraneva haava lähedal jalalihasesse süstiti. Kuue kuulise ravi tulemusena paranesid haavandid kiiremini ning patsientidel täheldati paranenud vererõhu taset jalgades. Järgnevalt planeeritakse suuremahulisemat uurimust, kus kasutatakse lisaks ravirühmale ka platseebot saavat kontrollrühma.
Gene therapy germ holds off amputations (UPI Science News), 21.01.03

Laboris kasvatatud rakud pärsivad soovimatut immuunreaktsiooni 
Washingtoni Ülikooli Arstiteaduskonna teadlased on avastanud võimaluse kasvatada inimese vähetuntud immuunrakke. Arvatakse, et T-regulaator tüüp 1 rakud (Tr1) suudavad pärssida mittevajaliku immuunreaktsiooni ja blokeerida immuunrakkude tegevuse, mis ründaksid organismi ja põhjustaksid ohtliku põletiku. Ajakirjas Nature uurimust tutvustatud professor John P. Atkinson kinnitas, et "T-regulaator rakud on kujunenud immunoloogia tähtsaks valdkonnaks, kuigi siiani ei osanud neid keegi laboratooriumis kasvatada." Atkinson lisas, et Tr1 rakkude kunstlik kasvatamine loob võimalused autoimmuunhaiguste nagu luupus ja reumaatiline liigesepõletik ning transplantatsiooni äratõukereaktsiooni vastaste meetodite arendamiseks. Lisaks võib nende kasutamine tuua uusi teadmisi leetrite, meningiidi ja mitmete nakkushaiguste kohta. 
Scientists discover how to grow cells that suppress immune responses (EurekAlert), 22.01.03

Avastati rahutust ja agressiivsust mõjutav geen
Teadlased on avastanud geeni (Pet-1), mis on normaalse rahutuse ja agressiivsuse taseme eelduseks. Case Western Reserve Ülikooli teadlaste uurimuse kohaselt muutuvad täiskasvanud hiired geeni väljalülitamisel võrreldes kontrollrühmaga agressiivsemaks ja rahutumaks (Vt videot). Samal ajal ei täheldatud väljalülitatud geeniga hiitel muutusi teistes neuroloogilistes funktsioonides (nt koordinatsioon, toitumine ja liikumine).
Rahutus ja agressiivsus on normaalsed ja vajalikud omadused, mis võimaldavad reageerida ohtudele ja saada hakkama muutuva keskkonnaga. Samas on selge, et kontrollimatu ning liigne rahutus või agressiivsus pole kasulikud omadused. Uurimust juhtinud neuroloog Evan Deneris leiab ajakirjas Neuron, et nn Pet-1 negatiivsete hiirte käitumine meenutab inimestele omaste psüühiliste häirete tunnuseid, mida iseloomustavad samuti liigne rahutus ja agressiivsus.

Eelnevalt on töörühm näidanud, et Pet-1 on ajus aktiivne vaid närvirakkudes (serotoniin), mis mõjutavad emotsioone. Serotoniin on keemiline ühend, mis võimaldab neuronitel ühendusi luua, toimides vahendajana ehk neurotransmitterina. Defektseid neuroneid (serotoniin) on inimestel seostatud ülemäärase rahutuse, impulsiivse vägivalla ja depressiooniga. Denerise uurimisrühm tõestas hiirte baasil, et geen mõjutab täiskasvanute emotsionaalset käitumist, kontrollides sünnijärgselt neuronite (serotoniin) arengut. Sama geen on olemas ka inimestel, mistõttu on Denerise uurimisühm loonud väärtusliku hiiremudeli rahutuse ja agressiivsuse uurimiseks.
Researchers Discover Anxiety And Aggression Gene In Mice; Opens New Door To Study Of Mood Disorders In Humans (ScienceDaily), 23.01.03

deCode ja IBM sõlmisid strateegilise koostööleppe
Islandi geeniprojekti korraldav deCode Genetics ja IBM teatasid strateegilise liidu sõlmimisest inimese genoomi ja haiguste vaheliste seoste uurimisvõimaluste, diagnostika ja raviotsuste kvaliteedi parandamise valdkonnas. Koostöö eesmärgiks on arendada geneetiliste-, sugupuu- ja kliiniliste andmete säilitamise, haldamise ja analüüsimise tehnoloogiaid ja integreeritud lahendusi. 
Kolmeaastase lepingu raames asutakse koostöös turustama deCode'i genoomi uurimise platvormi (deCODE's Clinical Genome Miner (CGM)), mis kasutab IBM'i riist- ja tarkvara. Süsteemi hakatakse poole aasta pärast pakkuma farmaatsiafirmadele, avaliku sektori uurimisasutustele, haiglatele ja meditsiiniteenuste osutajatele üle kogu maailma. 
IBM eluteaduste juht Caroline Kovac usub, et kahe firma tehnoloogiline sünergia võimaldab pakkuda olulist lisaväärtust ravimifirmadele, kes on hetkel tohutu surve all, sest võimaldab kiiremini tuua turule paremaid ravimeid. Kovac näeb, et koostöö paneb aluse informatsioonil baseeruva meditsiini levikule ning võib täpsema eelsoodumuse hindamise ja diagnostikavahendite kuid ka kohandatud ravivõtetega muuta tervishoidu tundmatuseni.
deCode'i juhataja Dr. Kari Stefansson selgitas, et "strateegiline liit on oluline samm firma strateegia elluviimisel, mis näeb ette liidripositsiooni säilitamist inimese geneetikaga seotud andmete analüüsimises. Partnerlus võimaldab pakkuda maailma tasemel geenide uurimise ja avastamise ja andmekaitse lahendusi teadusasutustele ja organisatsioonidele üle kogu maailma."
deCode'i platvorm baseerub statistilisel analüüsil ja selle töökindlus on saanud kinnitust Islandi geeniprojekti raames geenide ja haiguste vaheliste seoste tuvastamisel. Koostöö raames soodustatakse informatsioonil baseeruvat meditsiini, milles raviotsuste tegemisel kasutatakse infotehnoloogia vahendusel enam patsiendi kliiniliste andmete, genealoogia ja laboriuuringute infot, lähtudes uutest teadmistest inimese genoomi kohta. deCode'i CGM platvormiga saavad teadlased otsida andmebaasidest soovitud fenotüüpe, genotüüpe ja sugupuid, mis on kõik annoteeritud olemasolevate andmetega inimese ja loomade genoomide kohta. Süsteem võimaldab ligipääsu vaid anonüümsetele kliinilistele ja geneetilistele andmetele. 
deCODE and IBM Form Strategic Alliance to Deliver Technology Solution for Applying Genetics to Drug Discovery (deCode), 23.01.03

Jaapan soovib elavdada genoomi alaseid uuringuid
Jaapanis asutati Tokyo piirkonnas genoomialaseid uuringuid edendav nõukogu. Asutatud institutsiooni eesmärgiks on muuta Tokyo piirkond rahvusvaheliseks genoomialaste eluteaduste keskuseks. Nõukogu asub tööle koostöös riiklike ja kohalike omavalitsuste esindajate ning ärigruppidega. Teiste seas on esindatud valitsus ja haridusministeerium. Täiendavateks eesmärkideks on piirkonna majanduse elavdamine ja teadustulemuste rakendamine tööstuses. Akadeemilistest ja teadusasutustest on kaasatud Tokyo Ülikool, Kazusa Teaduspark, Yokohama Füüsika ja Keemia Uurimise Instituut.
Genome research council launched (Japan Times), 23.01.03

Genoomi järjestajad ja bioinformaatikud silusid lahkarvamusi
Rangelt salajasel kohtumisel kõnelesid maailma juhtivate genoomi järjestamise keskuste ja bioinformaatikute esindajad lahkarvamustest DNA andmete kasutamisel. Tulemus tõotab kujuneda heaks uudiseks neile, kes on toetanud vaba ja takistusteta juurdepääsu. Viimase kahe aasta jooksul teravnenud tüliküsimuses süüdistavad bioinformaatikud suuri genoomi järjestamise keskuseid andmete kasutamise takistamises, kuigi vastavalt Bermuda kokkulepetele (1996) peaks avaliku sektori finantseeritud genoomi järjestused viivitamatult avaldatama avalikus andmebaasis GenBank. Genoomi järjestamisega tegelevad keskused kaitsesid end omalt poolt vajadusega andmeid töödelda, mis on vajalik tulemuste avaldamiseks teadusajakirjanduses. Samuti täheldati nn andmetele mitte viitamist ehk autorite töö mitte tunnustamist. Genoomide järjestamise kiirus on tohutult kasvanud, kuid teadlastel kulub teadusliku artikli kirjutamiseks endiselt sama palju aega . 
Lõpuks jõudsid mõlemad pooled arusaamisele, et vastasseis ei tee kummalegi poolele head. Briti heategevusliku fondi Wellcome Trust ja USA Riikliku Inimese Genoomi Uurimise Instituudi (NHGRI) korraldatud kohtumise eel polnud ootused väga kõrged. Tulemustest teatajaks volitati NHGRI juht Francis Collins, kelle napide sõnade kohaselt "usuvad kohalolnud, et saavutatud konsensus võetakse teadlaste poolt soojalt vastu." Teiste osalejate märkustest võib välja lugeda, et kohtumisel loobuti piirangute seadmisest DNA andmete kasutamisele, mis paljude üksikute keskuste (nt Sangeri Instituut) poolt oli vaikselt kehtestatud.
Suured järjestamise keskused peavad andmed hoolimata riskist avalikustama ning kasutajad peavad autorite tööd tunnustama. Täpsem kokkuleppe sõnastus avaldatakse Wellcome Trusti vahendusel lähinädalatel.
Private Pact Ends the DNA Data War (Science 299, 5606, 487-489), 24.01.03

====================================
Tagasiside:
tel: 07 440428; 056 469494
email:  
arhiiv: nädalaülevaated

Sihtasutus Geenikeskus:
Riia 23b, Tartu, 51010
tel: 07 375030
email:
veeb: genomics.ee 

© 2003, SA Geenikeskus • Esitatud materjale võib reprodutseerida viidates autorile.